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黄芩MYB转录因子家族全基因组鉴定与分析
文献摘要：
目的:黄芩中主要活性成分黄酮类化合物的生物合成途径已解析,但相关调控机制研究薄弱.本研究基于黄芩全基因组对SbMYB转录因子进行系统鉴定和分析,筛选可能参与黄酮类化合物生物合成的候选SbMYB家族成员.方法:通过HMMER和BLAST筛选SbMYB转录因子;采用IQ-TREE、ExPASy、GSDS、TBtools、Cytoscape等在线工具和软件对Sb-MYB家族的进化关系、基因结构、基因表达模式、蛋白调控网络等进行生物信息学分析.结果:全基因组水平上共鉴定到146个SbMYB转录因子,分为4个亚族和1个未分族成员,R2R3-MYB亚族成员最多(116个);SbMYB基因结构较为保守,随机分布在9条染色体上;同一亚族有相似的MYB保守结构域和基序组成;SbMYB在根、茎、叶中具有相似的表达模式,与花中差异较大;SbMYB与黄酮合成相关结构基因的蛋白质-蛋白质相互作用分析筛选到43个SbMYB可能调控黄酮合成途径关键酶.结论:MYB转录因子调控植物次生代谢合成,本研究系统分析黄芩MYB转录因子家族并筛选可能参与黄酮类化合物生物合成的候选基因,为其调控机制研究奠定基础.
文献关键词：
黄芩;MYB转录因子;黄酮类化合物;基因调控网络
中图分类号：
作者姓名：
王晓童;向丽;邬兰;高冉冉
作者机构：
中国中医科学院中药研究所/青蒿素中心,北京,100700;东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040
文献出处：
引用格式：
[1]王晓童;向丽;邬兰;高冉冉-.黄芩MYB转录因子家族全基因组鉴定与分析)[J].世界中医药,2022(13):1802-1812
A类：
SbMYB
B类：
黄芩,全基因组鉴定,主要活性成分,黄酮类化合物,生物合成途径,调控机制,系统鉴定,HMMER,BLAST,IQ,TREE,ExPASy,GSDS,TBtools,Cytoscape,进化关系,基因结构,基因表达模式,生物信息学分析,未分,R2R3,随机分布,保守结构域,基序,结构基因,蛋白质相互作用,相互作用分析,关键酶,次生代谢,研究系统,候选基因,基因调控网络
AB值：
0.260452
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