典型文献
系统性硬化症相关间质性肺病、特发性肺纤维化与转化生长因子-β诱导的肺纤维化模型重叠基因的相关性分析
文献摘要：
目的 利用生物信息学技术分析系统性硬化症相关间质性肺病(SSc-ILD)、特发性肺纤维化(IPF)与转化生长因子-β(TGF-β)诱导的肺纤维化模型重叠基因的相关性.方法 通过Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获取SSc-ILD、IPF与TGF-β诱导的肺纤维化模型相关基因芯片数据GSE76808、GSE135099.采用R软件对数据进行分析,按照adj.P＜0.05和|logFC|＞1进行筛选,将筛选得到的基因进行基因交互分析;利用R软件对重叠基因进行基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集及可视化;基于String数据库对重叠基因进行蛋白质互作(PPI)分析;应用在线分析工具TISIDB获得hub基因并分析其功能.结果 与健康对照组(NC组)相比,SSc-ILD、IPF、TGF-β诱导的肺纤维化模型中存在差异性表达的基因.在SSc-ILD、IPF、TGF-β诱导的肺纤维化模型均下调的34个重叠基因中存在PPI并获得hub基因ELAVL1.GO富集分析结果表明,ELAVL1 基因不仅参与RNA剪接、加工、翻译等多种转录后修饰过程,还在腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路中存在富集.结论 在SSc-ILD和IPF两种疾病中,AMPK信号可能存在异常,导致TGF-β产生增多,而TGF-β可能通过调控ELAVL1蛋白(HuR)由胞核向胞浆转位,进而参与肺纤维化的调节,但具体机制仍有待进一步验证.
文献关键词：
转化生长因子-β;系统性硬化症相关间质性肺病;特发性肺纤维化;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
丁丽丽;刘轩绮;孙晓林;高雅静;武志慧;王永福
作者机构：
包头医学院第一附属医院风湿免疫科,内蒙古包头,014010;包头医学院第一附属医院中心实验室/内蒙古自治区自体免疫学重点实验室,内蒙古包头,014010
文献出处：
引用格式：
[1]丁丽丽;刘轩绮;孙晓林;高雅静;武志慧;王永福-.系统性硬化症相关间质性肺病、特发性肺纤维化与转化生长因子-β诱导的肺纤维化模型重叠基因的相关性分析)[J].实用临床医药杂志,2022(14):7-13
A类：
系统性硬化症相关间质性肺病,GSE76808,GSE135099
B类：
特发性肺纤维化,转化生长因子,肺纤维化模型,重叠基因,利用生物,生物信息学技术,SSc,ILD,IPF,TGF,Gene,Expression,Omnibus,GEO,基因芯片,adj,logFC,选得,交互分析,基因本体,功能注释,京都基因与基因组百科全书,通路富集,String,PPI,在线分析工具,TISIDB,hub,NC,差异性表达,ELAVL1,富集分析,剪接,后修饰,饰过,腺苷酸活化蛋白激酶,AMPK,HuR,转位,具体机制,生物信息学分析
AB值：
0.237801
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