[目的]研究1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的基因组信息.[方法]采用厌氧培养法,通过乳酸分解培养基(LADM)初筛、梭菌增殖培养基(RCM)复筛,从饲喂乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离利用乳酸快、丁酸转化率高的菌株,对所筛选的菌株进行形态鉴定、16S rDNA序列分析、乳酸转化特性试验、基因组重测序和框架图测序,并对其编码蛋白进行功能注释.[结果]分离得到1株分离菌LY33,基于形态和16S rDNA序列分析鉴定为丁酸梭菌.菌株LY33对乳酸具有较好的利用能力,在生长第6天可将66 mmol的乳酸基本转化完全,生成17 mmol左右的丁酸.LY33菌株的重测序表明,其编码基因整体变异较小,与参考基因组相比,LY33菌株全基因组杂合比率为0.022‰,单核苷酸多态性(SNP)位点变异总数21590个(占整个基因组0.4666％),插入缺失(InDel)突变总和594个(占0.0128％),不存在拷贝数变异(CNV),结构变异(SV)注释的变异总数103个(占0.0003％).突变基因主要为与菌株生长、能量代谢调节、维生素合成(特别是生物素)有关的基因,分布于2条染色体的多条序列上.LY33菌株框架图测序及其编码基因蛋白的功能注释表明,其基因组序列长度4627127 bp,GC含量28.60％,含有4171个基因,编码区总长度占比84.12％,参与了糖代谢(carbohydrate metabolism)、膜转运(membrane transport)和氨基酸代谢(amino acid metabolism)等多种代谢途径转化过程,基因组中抗大环内酯类药物、抗杆菌肽、VanI糖肽抗性基因个数较多.[结论]本研究从饲喂4％乳酸菌发酵饲料的健康仔猪肠道内容物中分离到1株利用乳酸快、丁酸转化率高的LY33菌株,经鉴定为丁酸梭菌,其具有良好的应用前景,可作为一种新的微生物资源用于微生态制剂产品.

丁酸梭菌;乳酸;分离鉴定;基因组;序列分析

胡晓冰;林标声;王振伟;郑黎静

黄河水利职业技术学院环境工程学院,开封475004;龙岩学院生命科学学院,龙岩364012;龙岩学院,预防兽医学与生物技术福建省高等学校重点实验室,龙岩364012

中国畜牧兽医

[1]胡晓冰;林标声;王振伟;郑黎静-.1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的分离鉴定及基因组序列分析)[J].中国畜牧兽医,2022(02):569-578

LADM,喂乳,LY33,VanI

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