典型文献
甲状腺乳头状癌脑转移差异表达基因生物学功能分析及关键调控基因筛选
文献摘要：
目的 采用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(PTC)脑转移差异表达基因的生物学功能,并筛选PTC脑转移的关键调控基因.方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE66463,利用GEO2R中GEOquery、limma包筛选PTC脑转移灶癌组织差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释,利用京都基因和基因组数据库对差异表达基因的信号通路进行富集分析.通过String数据库构建差异表达基因的蛋白互作网络,筛选可能参与PTC脑转移的关键调控基因,分别基于GEPIA数据库、人类蛋白质表达图谱数据库数据分析PTC脑转移关键调控基因及蛋白与PTC患者预后的关系.结果 PTC脑转移灶癌组织中共183个差异表达基因,其中表达上调82个、下调101个.PTC脑转移灶癌组织差异表达基因生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等,信号通路主要集中在风湿性炎症信号通路、NF-kB信号通路及IL17信号通路等.β-1,3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶(B3GNT7)、丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、集落刺激因子2(CSF2)、趋化因子CXC配体2、白细胞介素1α(IL1α)、IL1β、骨诱导因子、骨调蛋白、脯氨酸/精氨酸丰富端亮氨酸丰富重复蛋白可能是参与PTC脑转移的关键调控基因.与B3GNT7低表达者比较,B3GNT7基因及蛋白高表达的PTC患者预后较好(P均<0.05).结论 PTC脑转移的差异表达基因的生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等.PTC脑转移的关键调控基因主要有B3GNT7、BUB1及CDC20等.
文献关键词：
脑转移瘤;甲状腺癌转移灶;甲状腺乳头状癌;β-1;3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶
中图分类号：
作者姓名：
王加中;曹罡;刘阳;陈硕
作者机构：
西安交通大学第二附属医学普通外科,西安710061
文献出处：
引用格式：
[1]王加中;曹罡;刘阳;陈硕-.甲状腺乳头状癌脑转移差异表达基因生物学功能分析及关键调控基因筛选)[J].山东医药,2022(30):25-29
A类：
GSE66463,GEOquery,B3GNT7,甲状腺癌转移灶
B类：
甲状腺乳头状癌,差异表达基因,生物学功能分析,调控基因,基因筛选,生物信息学方法,PTC,基因芯片,GEO2R,limma,脑转移灶,癌组织,组织差异表达,基因本体论,Gene,Ontology,功能注释,京都,基因组数据,富集分析,String,数据库构建,蛋白互作网络,GEPIA,类蛋白质,蛋白质表达,谱数据,金属离子,动态平衡,小分子,风湿性,炎症信号通路,kB,IL17,乙酰氨基葡萄糖,氨基转移酶,丝氨酸,苏氨酸,BUB1,细胞分裂,CDC20,集落刺激因子,CSF2,趋化因子,CXC,骨诱导,诱导因子,脯氨酸,精氨酸,亮氨酸,低表达,脑转移瘤
AB值：
0.242554
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