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天津市输入性基孔肯亚病毒全基因组序列分析
文献摘要：
目的:分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒（CHIKV）的全基因组序列特征与进化，为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法:收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸，设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长，然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果:本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支，与大部分中国分离株一致，相似性为92.72%~99.86%，在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近（99.74%）。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变，与ECSA基因型一致。此外，天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G，以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论:天津CHIKV具备较强毒力，且具备在白纹伊蚊中传播的能力，提示应继续加强对CHIKV的监测。
文献关键词：
高通量核苷酸测序;基孔肯亚病毒;毒力
中图分类号：
作者姓名：
谭昭麟;吕莉琨;谢彤;李力;吕杰;李晓燕
作者机构：
天津市疾病预防控制中心病原生物研究室，天津300011;天津市疾病预防控制中心传染病预防控制室，天津300011
文献出处：
引用格式：
[1]谭昭麟;吕莉琨;谢彤;李力;吕杰;李晓燕-.天津市输入性基孔肯亚病毒全基因组序列分析)[J].中华检验医学杂志,2022(02):174-179
A类：
基孔肯亚病毒,肯亚,Miniseq,D284E,I211T,nsP3,R524Opal
B类：
输入性,全基因组序列分析,CHIKV,序列特征,血清标本,引物,基因组全长,Illumina,ECSA,基因型,印度洋,国分,分离株,巴基斯坦,亲缘关系,关键位点,E1,E2,两处,处突,毒力,12T,82G,终止子突变,白纹伊蚊,继续加强,高通量核苷酸测序
AB值：
0.259879
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