为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台,实验利用已发布的草鱼全基因组序列,开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记.结果显示,在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677363个,总长度12 835 407 bp,占全基因组长度的1.4254％,平均跨度为1 329.43 bp.其中单碱基重复序列出现最多,占比52.85％;二碱基重复序列其次,占比31.44％;再次是四碱基重复序列,占比8.05％,三碱基重复序列占比6.47％,五碱基重复序列占比1.12％;六碱基重复序列出现最少,仅占比0.07％.1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT.随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物,在草鱼繁殖亲本群体中扩增,筛选出15对多态性引物,经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959,模拟分析结果鉴定准确率为100％,置信度为95％.通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定,所有子代均成功匹配到正确父母本,鉴定准确率达到100％.本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征,并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定,为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础.

草鱼;全基因组;微卫星;亲子鉴定

黄纬杰;郭向召;张子豪;董强;熊雪梅;高泽霞

华中农业大学水产学院,农业农村部淡水生物繁育重点实验室,长江经济带大宗水生生物产业绿色发展教育部工程研究中心,湖北省名优鱼育种与健康养殖工程技术研究中心,湖北武汉 430070;湖北洪山实验室,湖北武汉 430070;广东海大集团股份有限公司畜牧水产研究中心,广东广州 511400

水产学报

[1]黄纬杰;郭向召;张子豪;董强;熊雪梅;高泽霞-.草鱼全基因组微卫星特征分析与亲子鉴定)[J].水产学报,2022(02):161-172

AATAT,ATATT,AACCCT,AGGGTT,CERVUS

草鱼,亲子鉴定,微卫星标记,全基因组序列,碱基,Mb,微卫星序列,总长度,bp,组长,重复序列,列出,重复类型,AGAT,ATCT,个位,亲本群体,多态性引物,杂合度,鉴定准确率,置信度,家系,子代,个个,配到,母本,星位,行草,育种工作

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