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相关疫苗上市后中国大陆肠道病毒71型C4亚型的分子流行特征分析
文献摘要：
目的 分析相关疫苗上市后中国大陆肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)C4亚型的分子流行特征.方法 基于贝叶斯的马尔可夫链蒙特卡罗(markov chain monte carlo,MCMC)分析方法,对EV71疫苗上市前后中国大陆EV71毒株VP1基因相似性进行比较.应用贝叶斯天际线模型和SpreaD3 v0.9.6软件对中国大陆C4亚型病毒进行系统发生地理学分析,通过绘制贝叶斯天际线图描绘种群动态历史变化,并应用EasyCodeML软件分析正选择压力位点.结果 中国大陆EV71 C4亚型VP1基因序列的平均进化速率为2.25×10-3site/year,C4a亚型毒株平均进化速率为3.1×10-3 site/year;EV71 C4亚型的起源可追溯至1990年的华东地区,C4a亚型可能起源于1999年.2002-2007年C4亚型经历了种群规模扩张,种群规模于2007年达峰值,且在EV71疫苗上市后仍保持较高水平.C4亚型病毒VP1基因中有5个氨基酸位点承受正选择压力,比对分析EV71疫苗上市后2015-2018年C4亚型病毒序列,筛选到VP1基因第289位点承受正选择压力.结论 本研究揭示了 EV71 C4亚型的遗传进化信息,为制定手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的防控策略提供了科学的数据支持.
文献关键词：
手足口病;肠道病毒71型;C4亚型;进化特征;正选择压力;中国大陆
中图分类号：
作者姓名：
杜瑞晓;王茜;刘明琛;高帆;白玉;吴星;毛群颖;梁争论;卞莲莲
作者机构：
中国食品药品检定研究院国家卫生健康委员会生物技术产品检定方法及其标准化重点实验室,北京102629
文献出处：
引用格式：
[1]杜瑞晓;王茜;刘明琛;高帆;白玉;吴星;毛群颖;梁争论;卞莲莲-.相关疫苗上市后中国大陆肠道病毒71型C4亚型的分子流行特征分析)[J].中国生物制品学杂志,2022(11):1366-1371
A类：
SpreaD3,种群动态历史,EasyCodeML,3site
B类：
上市后,中国大陆,肠道病毒,分子流行特征,enterovirus,type,EV71,马尔可夫链,蒙特卡罗,markov,chain,monte,carlo,MCMC,毒株,VP1,天际线,线模,v0,系统发生,发生地,地理学,历史变化,正选择压力,基因序列,进化速率,year,C4a,可追溯,华东地区,种群规模,规模扩张,氨基酸位点,比对分析,遗传进化,手足口病,hand,foot,mouth,disease,HFMD,防控策略,进化特征
AB值：
0.283627
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