典型文献
海甘蓝(Crambe abyssinica)叶绿体基因组特征及其系统发育研究
文献摘要：
海甘蓝(Crambe abyssinica)为十字花科(Brassicaceae)海甘蓝属(Crambe)植物,其种子富含芥酸,被视为一种重要的可再生工业油用资源.本研究基于Illumina HiSeq测序数据从头组装了(de novo)海甘蓝的叶绿体(chloroplast,cp)基因组,并分析其在十字花科植物中的系统发育位置.结果表明,海甘蓝叶绿体基因组大小为153754 bp,呈典型的四分体结构;其包含111个基因,包括78个编码基因、29个tRNA基因以及4个rRNA基因.通过密码子偏好性分析,海甘蓝叶绿体基因组中末端为A/U的密码子使用存在偏倚.SSR及长重复片段分析检测到41个重复序列和59个SSR位点.与近缘种比较,发现其叶绿体基因组序列高度保守,尤其蛋白质编码序列相似度极高.同义与非同义核苷酸替代率分析表明,除ndhB和ycf2基因外,其余编码基因普遍存在纯化选择压力.此外,系统发育分析发现海甘蓝与芸薹属重要的经济作物亲缘关系密切,与白芥属植物形成姊妹类群.这为海甘蓝与芸薹属植物的种间杂交提供了遗传支撑,同时也为阐明海甘蓝的进化史提供了重要的分子信息.
文献关键词：
海甘蓝;叶绿体基因组;比较分析;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
钱方;高作敏;胡利娟;王洪程
作者机构：
贵州师范大学生命科学学院,贵阳 550001
文献出处：
引用格式：
[1]钱方;高作敏;胡利娟;王洪程-.海甘蓝(Crambe abyssinica)叶绿体基因组特征及其系统发育研究)[J].生物技术通报,2022(06):174-186
A类：
海甘蓝,Crambe,abyssinica
B类：
叶绿体基因组,基因组特征,十字花科,Brassicaceae,芥酸,工业油,Illumina,HiSeq,序数,从头组装,de,novo,chloroplast,cp,基因组大小,bp,四分体,分体结构,编码基因,tRNA,rRNA,过密,密码子偏好性,偏好性分析,偏倚,SSR,分析检测,重复序列,近缘种,基因组序列,编码序列,同义,非同,替代率,ndhB,ycf2,选择压力,系统发育分析,芸薹属,经济作物,亲缘关系,白芥,姊妹,类群,种间杂交,进化史
AB值：
0.315152
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
