典型文献
骨肉瘤潜在关键基因及相关通路的鉴定
文献摘要：
[目的]基于生物信息学分析骨肉瘤差异表达谱中的关键基因及相关通路.[方法]本研究利用GEO(gene expres-sion omnibus,GEO)数据库中的两个芯片数据集(GSE11414,GSE14359)筛选人骨肉瘤样本与人成骨细胞之间的差异表达基因,并通过基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析挖掘其潜在的生物学功能.通过STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,并进一步筛选关键基因.最后利用LOGpc(Long-term Outcome and Gene Expression Profiling database of pan-cancers,LOGpc)数据库评估关键基因在骨肉瘤中的预后价值.[结果]GSE11414和GSE14359中共有111个共表达差异表达基因,包括28个上调和83个下调基因,功能富集分析结果显示其主要富集于细胞外基质组织、整合素结合、糖胺聚糖结合、包含胶原的细胞外基质、p53信号通路及TGF-β信号通路.通过蛋白互作网络分析筛选得到10个关键基因.无复发生存分析证实,THBS1和IGFBP3的高表达与骨肉瘤患者的不良预后有关.[结论]本研究通过生物信息学分析构建骨肉瘤差异基因的蛋白互作网络,挖掘与骨肉瘤发病机制密切相关的枢纽基因,可能为骨肉瘤提供新的预后标志物和治疗靶点.
文献关键词：
骨肉瘤;生物信息学;靶向治疗;关键基因;生物标志物
中图分类号：
作者姓名：
张懿明;毛良浩;江攀;倪晨烈;李建;尹正宇;仲新宇;张兵;李大鹏
作者机构：
江苏大学附属医院脊柱外科,江苏镇江212000
文献出处：
引用格式：
[1]张懿明;毛良浩;江攀;倪晨烈;李建;尹正宇;仲新宇;张兵;李大鹏-.骨肉瘤潜在关键基因及相关通路的鉴定)[J].中国矫形外科杂志,2022(07):644-648
A类：
GSE11414,GSE14359,LOGpc
B类：
关键基因,相关通路,生物信息学分析,表达谱,研究利用,GEO,gene,expres,omnibus,选人,人骨肉瘤,肉瘤样,人成骨细胞,差异表达基因,基因本体论,Ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,生物学功能,STRING,Search,Tool,Retrieval,Interacting,Cytoscape,软件构建,选关,Long,term,Outcome,Expression,Profiling,database,pan,cancers,预后价值,共表达,表达差异,功能富集分析,细胞外基质,整合素,糖胺聚糖,p53,TGF,蛋白互作网络分析,选得,无复发生存,生存分析,THBS1,IGFBP3,不良预后,差异基因,枢纽基因,预后标志物,治疗靶点,靶向治疗,生物标志物
AB值：
0.345388
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