典型文献
番木瓜成熟过程中全基因组DNA甲基化和转录组变化分析
文献摘要：
采用全基因组DNA甲基化(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术对番木瓜4个成熟时期(绿熟期、破色期、熟化期、腐熟期)的果实样品进行高通量测序.C位点、CG、CHG和CHH序列平均甲基化水平分别为17.15％、49.33％、34.30％和8.28％.全基因组DNA甲基化水平在果实成熟过程中持续下降,同时差异表达基因(DEG)数量逐渐上升.全基因组DNA甲基化和转录组数据联合分析表明,基因表达水平与启动子及基因体甲基化水平呈显著正相关.筛选出CpACO4、CpPDS、CpXTH30 和CpXTH31等4个番木瓜果实成熟差异表达候选基因,利用荧光定量PCR和McrBC-PCR分别检测其表达水平和相应DMR序列甲基化水平,结果分别同转录组和全基因组DNA甲基化一致,推测这些基因在番木瓜果实成熟过程中起重要作用.
文献关键词：
番木瓜;果实;成熟;全基因组;DNA甲基化;基因;差异表达
中图分类号：
作者姓名：
周陈平;杨敏;郭金菊;邝瑞彬;杨护;黄炳雄;魏岳荣
作者机构：
广东省农业科学院果树研究所,农业农村部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室,广东省热带亚热带果树研究重点实验室,广州510640;广东省农业科学院设施农业研究所,广州510640
文献出处：
引用格式：
[1]周陈平;杨敏;郭金菊;邝瑞彬;杨护;黄炳雄;魏岳荣-.番木瓜成熟过程中全基因组DNA甲基化和转录组变化分析)[J].园艺学报,2022(03):519-532
A类：
CpACO4,CpPDS,CpXTH30,CpXTH31,McrBC
B类：
番木瓜,成熟过程,全基因组,变化分析,WGBS,转录组测序,seq,成熟时期,熟期,熟化,腐熟,实样,CG,CHG,CHH,甲基化水平,果实成熟,时差,差异表达基因,DEG,转录组数据,联合分析,基因表达水平,启动子,瓜果,候选基因,DMR
AB值：
0.252729
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