典型文献
组蛋白赖氨酸去甲基化酶家族在膀胱癌中的表达模式及其潜在作用:基于多组学分析
文献摘要：
目的 探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用.方法 本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据.使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响.利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性.结果 分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征,并不是所有KDMs都具有一致的表达模式.转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调(P<0.05),而KDM3B/6B/7C的表达下调.甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调,而KDM7C甲基化水平上调(P<0.05).相关性分析显示,14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关,其中KDM1A最显著.突变分析显示,KDM6A非同义突变频率最高,突变种类最多,且与其它KDMs的非同义突变具有互补性.生存分析显示,KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用,而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响.综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用,其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关.药物敏感性分析显示,KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关,而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关(P<0.05).结论 本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征,并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关.
文献关键词：
膀胱癌;组蛋白赖氨酸去甲基化酶;多组学
中图分类号：
作者姓名：
付小聪;余光创;郭艳芳
作者机构：
南方医科大学基础医学院生物信息学系,广东 广州 510515
文献出处：
引用格式：
[1]付小聪;余光创;郭艳芳-.组蛋白赖氨酸去甲基化酶家族在膀胱癌中的表达模式及其潜在作用:基于多组学分析)[J].南方医科大学学报,2022(12):1822-1831
A类：
KDMs,KDM3B,KDM7C,KDM3A,KDM4C,KDM2B
B类：
组蛋白赖氨酸去甲基化酶,表达模式,潜在作用,多组学分析,UALCAN,GSCALite,TCGA,转录表达,甲基化水平,体细胞,序数,Kaplan,Meier,Plotter,Assistant,clinical,bioinformatics,BLCA,预后影响,Timer,免疫浸润,表达特征,转录组数据,KDM1A,1B,4A,4B,5B,5C,6B,5A,7B,转录水平,突变分析,KDM6A,非同,同义突变,突变频率,变种,互补性,生存分析,5D,总生存率,保护性作用,无复发生存率,预后模型,膀胱癌预后,预后生物标志物,药物敏感性分析,抗癌药物,研究系统,基因家族,过表达
AB值：
0.23156
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