为探究桃儿七(Sinopodophyllum hexandmm)不同叶绿体基因组特征,本研究以桃儿七5个叶绿体基因组为研究对象,借助生物信息学工具进行基因组图谱构建、重复序列分析、密码子偏好分析、反向重复序列区(inverted repeat,IR)/单拷贝区(single-copy,SC)边界分析、基因组序列比较分析及系统发育分析.结果表明:桃儿七5个叶绿体基因组全长为157 203-157 940 bp,为典型的叶绿体四分体结构,共注释出133-137个基因,说明桃儿七叶绿体基因组具有多样性.桃儿七不同叶绿体基因组简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点不同,单核苷酸A/T占主要优势,散在重复序列包括正向重复、回文重复和反向重复3类.密码子偏好分析显示有效密码子(effective number of codon,ENc)值为51.14-51.17,密码子偏好性弱,GC与GC3s所占比例小于50％,密码子偏向使用A和U碱基并且以A和U碱基结尾.桃儿七5个叶绿体基因组IR/SC边界和基因组序列均比较保守.系统发育分析结果表明桃儿七和北美桃儿七亲缘关系最近.本研究获取了桃儿七5个叶绿体基因组信息与进化关系,为桃儿七资源开发利用与保护、品种鉴定和遗传进化研究奠定了科学基础.

桃儿七;叶绿体基因组;结构特征;系统发育分析

马录花;宁佳奇;王永杰;赵敏;李以康;周华坤

中国科学院西北高原生物研究所,青海西宁810008;中国科学院大学,北京100049;青海民族大学,青海西宁810007

生物工程学报

[1]马录花;宁佳奇;王永杰;赵敏;李以康;周华坤-.桃儿七叶绿体比较基因组学分析)[J].生物工程学报,2022(10):3695-3712

Sinopodophyllum,hexandmm

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