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虎杖叶绿体基因组结构与变异分析
文献摘要：
虎杖(Reynoutria japonica Houtt.)为蓼科(Polygonaceae)蓼族(Polygoneae)虎杖属(Reynoutria Houtt.)植物,是一种传统的中草药,具有利湿退黄、清热解毒、散瘀止痛、止咳化痰的功效.本研究采取高通量测序技术获得5个虎杖品种的叶绿体全基因组序列,并与NCBI已公布的蓼族何首乌(Fallopia multiflora)和金线草(Antenoron filiforme)等植物的叶绿体全基因组序列进行了基因组学和系统发育分析.通过基因组学分析发现,5种虎杖的叶绿体基因组大小有163 376 bp和163 371 bp两种情况,并呈现出典型的环状四分体结构,85 784 bp的一条较长的单拷贝区(large single-copy region,LSC),18 616 bp 的一条较短的单拷贝区(small single-copy region,SSC),还有两条长度一致的反向重复区,分别为IRa区和IRb区相间隔分布.通过注释得到161个基因,其中蛋白编码基因106个,rRNA编码基因10个,tRNA编码基因45个.总GC含量为36.7％,其中LSC、SSC和IR区域的GC含量分别为34.8％、30.7％和42.7％.对比不同虎杖品种叶绿体的全基因组分析发现,trnk-UUU、rpoC1、petD、rpl16、ndhA、rpl12基因的编码区发生了变异.系统发育分析显示,虎杖5个品种聚为一枝,处在已知11种蓼族材料最原始的位置,与何首乌构成姐妹群.
文献关键词：
中草药;叶绿体全基因组;基因组学分析;环状四分体
中图分类号：
作者姓名：
孙孟涛;张峻鑫;黄体冉;杨明峰;马兰青;段留生
作者机构：
北京农学院林木分子设计育种高精尖创新中心 北京102206;农业农村部华北都市农业重点实验室 北京102206;北京农学院林木分子设计育种高精尖创新中心北京102206;农业农村部华北都市农业重点实验室北京102206;中国科学院大学生命科学学院,北京100049;北京农学院植物科学技术学院,北京102206
文献出处：
引用格式：
[1]孙孟涛;张峻鑫;黄体冉;杨明峰;马兰青;段留生-.虎杖叶绿体基因组结构与变异分析)[J].生物工程学报,2022(05):1953-1964
A类：
Houtt,Polygoneae,Fallopia,Antenoron,filiforme,trnk,rpl12
B类：
虎杖,叶绿体基因组,基因组结构,变异分析,Reynoutria,japonica,蓼科,Polygonaceae,中草药,利湿退黄,清热解毒,止痛,止咳化痰,高通量测序技术,技术获得,叶绿体全基因组,全基因组序列,NCBI,何首乌,multiflora,金线草,系统发育分析,基因组学分析,基因组大小,bp,出典,环状四分体,分体结构,拷贝,large,single,copy,region,LSC,small,SSC,重复区,IRa,IRb,相间,蛋白编码,编码基因,rRNA,tRNA,全基因组分析,UUU,rpoC1,petD,rpl16,ndhA,编码区,一枝,姐妹
AB值：
0.356583
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