典型文献
厚皮甜瓜心部果肉蔗糖含量QTL定位及候选基因分析
文献摘要：
[目的]运用QTL分析厚皮甜瓜心部果肉蔗糖含量,挖掘影响该性状的候选基因,为厚皮甜瓜甜味性状的遗传改良奠定理论基础.[方法]以高糖材料VZX(V醉仙)为母本和低糖材料HP(高代自交系)为父本杂交衍生的F2群体为研究对象,利用高效液相色谱仪测定果实赤道位置心部果肉蔗糖含量,从F2群体中挑选蔗糖含量极端高和极端低的单株各20个,分别构建高蔗糖池和低蔗糖池,对双亲及混合池均进行全基因组重测序(约20 x覆盖深度),定位蔗糖性状的关联区间,并结合生物信息学分析候选基因.[结果]厚皮甜瓜心部果肉蔗糖含量在F2群体中基本呈正态分布,符合典型的数量性状遗传特征;对双亲及混池进行全基因组重测序,共获得有效数据32.62 G,Q20在95％以上,平均覆盖深度为17.76,比对到参考基因组上的总reads数目比例在98.72％～99.02％,测序数据质量高,参考基因组选择合理有效;在8号染色体定位到1个3.29 Mb的区间,共注释到108个基因;在初定位区间内获得1个参与糖酵解和糖异生生化过程的候选基因EVM0000647,在高糖和低糖亲本间编码区无非同义突变,但启动子区域具有大量差异位点,且表达量具有明显差异.[结论]极端混池测序(BSA)方法,在8号染色体上定位到1个影响厚皮甜瓜心部果肉蔗糖含量的QTL,大小为3.29 Mb,共注释到108个基因,其中候选基因EVM0000647,通过差异表达负调控厚皮甜瓜心部果肉蔗糖的积累.
文献关键词：
厚皮甜瓜;蔗糖;QTL;候选基因;遗传改良;转录组
中图分类号：
作者姓名：
杨永;范蓉;张学军;李寐华;凌悦铭;张红;杨文莉;姜雪;张永兵;伊鸿平
作者机构：
新疆农业科学院哈密瓜研究中心,乌鲁木齐 830091;伊犁师范大学生物与地理科学学院,新疆伊宁 835000
文献出处：
引用格式：
[1]杨永;范蓉;张学军;李寐华;凌悦铭;张红;杨文莉;姜雪;张永兵;伊鸿平-.厚皮甜瓜心部果肉蔗糖含量QTL定位及候选基因分析)[J].新疆农业科学,2022(10):2446-2455
A类：
VZX,EVM0000647
B类：
厚皮甜瓜,心部,果肉,蔗糖含量,QTL,候选基因分析,甜味,遗传改良,高糖,母本,低糖,HP,自交系,父本,F2,高效液相色谱仪,赤道,单株,双亲,混合池,全基因组重测序,覆盖深度,生物信息学分析,正态分布,数量性状遗传,遗传特征,共获,得有,有效数据,Q20,参考基因,reads,序数,数据质量,基因组选择,染色体定位,Mb,初定,糖酵解,糖异生,亲本,编码区,无非,非同,同义突变,启动子区域,异位,BSA,差异表达,负调控,转录组
AB值：
0.288196
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