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辣椒PPO基因家族密码子偏好性分析
文献摘要：
以辣椒多酚氧化酶家族(PPOs)为研究对象,利用CUSP、CHIPS及CodonW 1.4.4等软件对辣椒PPO基因9个密码子进行分析,研究了辣椒PPOs密码子偏好性特征,以期为辣椒PPO基因家族密码使用模式和分子进化及功能提供参考依据.结果表明:辣椒PPO家族基因偏好性较弱,偏好以A或U(T)结尾的密码子,其中存在28个高频密码子(RSCU＞1),4个偏好性较强密码子(RSCU＞1.6)和1个偏好性最强密码子(RSCU＞2).聚类结果显示,基于CDS序列聚类效果更好;CaPPO1单独聚为一类,其余8个基因较为接近.相关性分析表明PPO家族基因密码子的偏好性主要影响因素是密码子第3位碱基GC含量(GC3s).此外,GC、C3s也存在一定的影响.ENC图、中性绘图结果表明自然选择对PPO家族基因密码子偏好性的影响更大.
文献关键词：
辣椒;PPO基因家族;密码子偏好性;相关分析
中图分类号：
作者姓名：
谢雪果;张中荣;吕慧;王世宁;袁雷;吉雪花
作者机构：
石河子大学农学院,特色果蔬生理与种质资源利用兵团重点实验室,新疆石河子832003
文献出处：
引用格式：
[1]谢雪果;张中荣;吕慧;王世宁;袁雷;吉雪花-.辣椒PPO基因家族密码子偏好性分析)[J].北方园艺,2022(07):1-8
A类：
PPOs,CaPPO1,C3s
B类：
辣椒,基因家族,密码子偏好性,偏好性分析,多酚氧化酶,CUSP,CHIPS,CodonW,使用模式,分子进化,家族基因,结尾,高频密码子,RSCU,CDS,碱基,GC3s,ENC,绘图,自然选择
AB值：
0.196441
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