典型文献
基于生物信息学方法筛选与胃癌预后及5-氟尿嘧啶疗效相关基因
文献摘要：
目的:基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法:从基因表达综合（GEO）数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存（OS）相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因，使用STRING数据库建立蛋白质互作网络（PPI）并鉴定关键基因，通过OmicShare平台进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值，患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果:共筛选出59个差异表达基因，其中39个上调基因，20个下调基因。通过PPI分析，成对同源结构域转录因子2（PITX2）、肝细胞生长因子（HGF）、成纤维细胞生长因子1（FGF1）、转化生长因子β
2（TGFB2）、凝血酶反应蛋白1（THBS1）是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示，FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好（均
P<0.01），THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差，但差异无统计学意义（
P>0.05）。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好（
P<0.01），THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差（
P<0.05）。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。
结论:FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关，PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关，可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。
文献关键词：
胃肿瘤;生物信息学;基因;预后;氟尿嘧啶
中图分类号：
作者姓名：
李昌宇;林双明;许东波
作者机构：
福建医科大学附属龙岩市第一医院胃肠肛门外科，龙岩 364000
文献出处：
引用格式：
[1]李昌宇;林双明;许东波-.基于生物信息学方法筛选与胃癌预后及5-氟尿嘧啶疗效相关基因)[J].肿瘤研究与临床,2022(09):654-660
A类：
GPL570,GSE51725
B类：
生物信息学方法,氟尿嘧啶,生物标志物,下载,GSE54129,GSE79973,GEPIA2,基因表达谱,表达谱分析,胃癌患者,总生存,OS,GEO2R,胃癌组织,癌旁,正常组织,差异表达基因,STRING,数据库建立,蛋白质互作网络,PPI,关键基因,OmicShare,基因本体,京都基因与基因组百科全书,富集分析,Kaplan,Meier,Plotter,预测价值,基因表达量,最佳临界值,低表达,结构域,PITX2,肝细胞生长因子,HGF,成纤维细胞生长因子,FGF1,转化生长因子,TGFB2,凝血酶,THBS1,生存分析,化疗方案,Rap1,MAPK,PI3K,Akt,Hippo,Ras,黏着斑,治疗敏感性,预测标志物,胃肿瘤
AB值：
0.296396
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