典型文献
米槠雄花发育相关的转录组和MADS-box家族基因表达特性分析
文献摘要：
以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库.分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相关的差异表达unigenes,并对差异表达unigenes进行功能注释.同时对米槠MADS-box家族基因进行鉴定,分析其在米槠雄花发育3个时期的表达量变化.结果显示:在获得的转录组中,clean reads数为628800000～643700000,高质量总碱基量为6.29～6.44 Gb,Q30碱基百分比均不小于90.67％,GC含量为45.09％～45.39％.花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期间分别有15086、6770和16150个差异表达unigenes.GO功能注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在催化活性、连接和膜等相关的生物过程.KEGG代谢通路注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在全局及概要图、碳水化合物代谢、环境适应性和信号转录等相关的代谢通路.说明催化酶在米槠雄花发育过程有重要作用,注释在细胞组分中的差异表达unigenes主要与花粉成熟相关,同时雄花发育受碳水化合物代谢和转录因子的调控.表达量分析发现,米槠type-Ⅱ型MADS-box家族基因在雄花发育过程中的表达具有差异性.SHP和AG基因表达趋势相似,在花芽期表达量较低,半开期和盛花期表达量升高;AP3基因随着雄花发育表达量逐渐升高;2个MIKC?类同源基因主要在半开期表达;3个AP1/FUL类同源基因在雄花发育3个时期中均有表达,但表达趋势有差异;AGL6基因在雄花发育3个时期表达量均较高;4个SEP类同源基因在雄花发育中表达量较高,其中,SEP3基因表达量最高,在雄花发育3个时期的表达量变化不大,其余3个SEP类同源基因均在盛花期表达量升至最高.综合分析结果表明:在米槠雄花转录组中,多数差异表达unigenes的功能与花粉发育和催化酶的作用相关,且参与碳水化合物代谢和转录等代谢通路.MADS-box家族基因在雄花发育的3个时期差异表达,与雄花发育密切相关.
文献关键词：
米槠;雄花;转录组;差异表达unigenes;MADS-box家族基因
中图分类号：
作者姓名：
连辉;江淑珍;熊远芳;沈军;陈世品
作者机构：
福建农林大学林学院,福建 福州350002;福建农林大学园林学院 兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室,福建 福州350002
文献出处：
引用格式：
[1]连辉;江淑珍;熊远芳;沈军;陈世品-.米槠雄花发育相关的转录组和MADS-box家族基因表达特性分析)[J].植物资源与环境学报,2022(02):39-48
A类：
SEP3
B类：
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AB值：
0.227239
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