典型文献
基于生物信息学方法筛选PTCL-NOS关键基因及治疗药物
文献摘要：
目的 分析非特指性外周T细胞淋巴瘤(PTCL-NOS)表达出现差异的基因和信号通路并预测可能对PTCL-NOS产生治疗效果的药物,为今后的研究提供线索.方法 从基因数据库(GEO)中下载基因数据集GSE132550,使用R语言软件及其附加包进行分析获得PTCL-NOS中的差异基因,将差异基因上传到在线数据库进行基因富集分析,并构建蛋白质交互网络;使用Cytoscape软件进行关键基因筛选,并使用DGIdb数据库进行针对关键基因的药物预测.结果 共获得1139个存在差异表达的基因,包括670个上调基因和469个下调基因;KEGG信号通路中差异基因主要富集于PI3K-AKT信号通路,细胞外基质受体相互作用通路和阿米巴病相关信号通路;BP注释中差异基因主要存在于细胞外基质组织、细胞外结构组织和细胞连接组件;CC注释中差异基因主要涉及胶原蛋白-细胞外间质、基底膜和胶原三聚体的组成成分;MF注释中差异基因与细胞外基质结构成分、生长因子结合和胶原蛋白结合密切相关;差异基因主要包含在G蛋白偶联受体信号通路、胞外区和质膜中;药物-基因相交互用分析发现了 105个药物(其中包括90种针对ADRA2A的药物)靶向9个特定基因(ADRA2A、S1PR1、S1PR3、S1PR4、CP、FN1、APOE、SERPINA1、C3).结论PI3K-AKT信号通路可能成为PTCL-NOS潜在的临床干预靶点,芬戈莫德、西尼莫得等药物可能对PTCL-NOS的治疗提供新的方向.
文献关键词：
非特指性外周T细胞淋巴瘤;差异基因;药物筛选;PI3K-AKT信号通路;芬戈莫德;西尼莫得
中图分类号：
作者姓名：
张洪禄;滕悦;汤唯艳;汤依群;吴剑秋
作者机构：
江苏省肿瘤医院内科,江苏 南京210000;中国药科大学基础医学与临床药学学院,江苏 南京210000
文献出处：
引用格式：
[1]张洪禄;滕悦;汤唯艳;汤依群;吴剑秋-.基于生物信息学方法筛选PTCL-NOS关键基因及治疗药物)[J].医学信息,2022(12):32-37
A类：
GSE132550,S1PR4,西尼莫得
B类：
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AB值：
0.350056
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