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基于生物信息分析方法探究ADME基因在肝癌的表达及潜在调控机制
文献摘要：
目的 基于生物信息学分析方法,了解肝癌状态下肝脏中与药物吸收、分布、代谢及排泄(ADME)相关的基因表达及调控情况.方法 首先通过GEO数据获取240个肿瘤组织和193个正常组织的基因芯片数据,利用鉴定显著差异的ADME基因.并进一步使用JASPER数据库获取转录因子基因集,使用WGCNA分析转录因子与差异ADME基因调控关联性.结果 与正常肝组织相比,肿瘤组织中有66个ADME基因表达水平发生显著改变,其中6个上调60个下调.通过构建WGCNA共表达网络,并对blue模块和turquoise模块分析,其中SLC39A1、NAT2、CYP39A1和CYP1A2主要分布在blue模块,与转录因子CAT、VEZF1、FOS和CEBPG高度相关;SLC12A9和SLC25A39主要分布在turquoise模块,与转录因子IRF3、GMEB2、PRDM4、SOX13高度相关.结论 我们通过生物信息学分析发现多个ADME基因在肝癌中患者中异常表达,并通过WGCNA分析发现与之表达高度相关转录因子,为肝癌组织中ADME基因异常表达及其调控研究提供理论基础.
文献关键词：
ADME基因;肝癌;WGCNA;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
张涛;陈宇莲;莫小兰
作者机构：
广州市妇女儿童医疗中心药学部,广东广州510623;南方医科大学药学院,广东广州510515
文献出处：
引用格式：
[1]张涛;陈宇莲;莫小兰-.基于生物信息分析方法探究ADME基因在肝癌的表达及潜在调控机制)[J].海峡药学,2022(05):17-20
A类：
JASPER,SLC39A1,CYP39A1,VEZF1,SLC12A9,SLC25A39,GMEB2,PRDM4,SOX13
B类：
生物信息分析,方法探究,ADME,调控机制,生物信息学分析,药物吸收,排泄,GEO,数据获取,肿瘤组织,正常组织,基因芯片,WGCNA,基因调控,肝组织,基因表达水平,共表达网络,blue,turquoise,NAT2,CYP1A2,CAT,FOS,CEBPG,IRF3,异常表达,肝癌组织,调控研究
AB值：
0.296214
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