典型文献
基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变(IDD)相关的差异表达基因(DEG),寻找疾病的新型诊断标志物.方法 通过基因表达汇编(GEO)数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG.使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证.利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估外周血中关键基因的诊断效能.结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因.GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路.PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702.结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据.
文献关键词：
脊柱;椎间盘退行性变;基因表达;病因学
中图分类号：
作者姓名：
王晨峰;卢旭华
作者机构：
海军军医大学长征医院骨科,上海 200003
文献出处：
引用格式：
[1]王晨峰;卢旭华-.基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析)[J].脊柱外科杂志,2022(05):322-326,333
A类：
GSE124272,GSE150408,GSE23130,RBMX,SSR1,POLR2C
B类：
基因表达汇编,脊柱,椎间盘退行性变,诊断标志物,生物信息学分析,IDD,差异表达基因,DEG,GEO,下载,血样,DAVID,基因本体,京都基因与基因组百科全书,信号通路富集,STRING,Cytoscape,软件构建,蛋白质相互作用,PPI,关键基因,纤维环,受试者工作特征,诊断效能,联合分析,功能富集分析,细胞黏附,趋化作用,细胞迁移,细胞外基质,EEF1A1,功能研究,病因学
AB值：
0.208825
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