典型文献
绝经后骨质疏松差异表达基因的免疫浸润机制及潜在中药预测
文献摘要：
目的 综合生物信息学方法分析绝经后骨质疏松(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)的差异表达基因及免疫浸润机制,并预测治疗PMOP的潜在中药.方法 通过检索GEO数据库获取GSE56116数据集,利用R语言鉴别差异表达基因(DEG).利用STRING在线平台构建蛋白互作网络图(PPI),并通过Cytoscape 3.7.2软件进一步构建核心靶点网络图.应用DAVID数据库对差异基因进行GO功能和KEGG富集分析.CIBERSORT用于评估PMOP中免疫细胞的浸润.利用医学本体信息检索平台与差异基因相互映射,预测治疗PMOP的潜在中药.结果 共鉴定出971个DEG,其中包括541个上调基因,430个下调基因,并通过Cytoscape 3.7.2软件筛选得到SYK、FOS、LYN、IL4、HSPG2、ITGB1、RXRA、HCK等可能是与PMOP相关系的核心靶点.GO功能富集主要与甾醇代谢过程(Sterol metabolic process)、胆固醇代谢过程(Cholesterol metabolic process)、肽结合(Peptide binding)、产生超氧化物的NADPH氧化酶激活剂活性(Superoxide-generating NADPH oxidase activator activity)等生物功能相关.KEGG富集分析靶点主要富集在NF-kB信号通路(NF-kappa B signaling pathway)、fcεRI信号通路(Fc epsi-lon RI signaling pathway)、刺猬信号通路(Hedgehog signaling pathway)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、戊糖磷酸途径(Pentose phosphate pathway)等信号通路中.人参、三七、石斛、姜黄可能成为治疗PMOP的潜在候选中药.结论 利用综合生物信息学鉴别DEG、信号通路和免疫浸润有助于理解PMOP的发病机制,为理解与PMOP发生和发病相关的分子机制提供了理论依据,并为进一步探索中药治疗PMOP的作用机制提供了研究方法与策略.
文献关键词：
绝经后骨质疏松;生物信息学;差异基因;免疫浸润;中药预测
中图分类号：
作者姓名：
方梦泽;李志超;薛海鹏;徐展望
作者机构：
山东中医药大学,山东 济南250014;山东中医药大学附属医院,山东 济南250014
文献出处：
引用格式：
[1]方梦泽;李志超;薛海鹏;徐展望-.绝经后骨质疏松差异表达基因的免疫浸润机制及潜在中药预测)[J].世界中西医结合杂志,2022(03):447-453,460
A类：
GSE56116,HSPG2,epsi,Pentose
B类：
绝经后骨质疏松,差异表达基因,免疫浸润,中药预测,生物信息学方法,Postmenopausal,osteoporosis,PMOP,GEO,DEG,STRING,在线平台,平台构建,蛋白互作网络,网络图,PPI,Cytoscape,核心靶点,靶点网络,DAVID,差异基因,富集分析,CIBERSORT,免疫细胞,信息检索,检索平台,互映,选得,SYK,FOS,LYN,IL4,ITGB1,RXRA,HCK,功能富集,甾醇,代谢过程,Sterol,metabolic,process,胆固醇代谢,Cholesterol,Peptide,binding,NADPH,激活剂,Superoxide,generating,oxidase,activator,activity,生物功能,kB,kappa,signaling,pathway,fc,Fc,lon,刺猬,Hedgehog,MAPK,戊糖磷酸途径,phosphate,三七,石斛,姜黄,选中,中药治疗,方法与策略
AB值：
0.39698
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
