典型文献
栀子全基因组SSR标记开发及遗传多样性分析
文献摘要：
目的 揭示栀子基因组的SSR分布规律,开发SSR标记引物,探究不同栀子居群间的遗传差异.方法 利用MISA软件对栀子全基因组序列进行SSR位点搜索分析,Primer 3.0软件设计SSR引物,然后对引物进行有效性和多态性检测,并利用筛选到的多态性引物对6个居群的57份栀子材料开展遗传多样性分析.结果 栀子基因组共鉴定到232880个SSR位点,每2.3 kb有1个SSR位点,其中83.02％的SSR位点分布于基因间区域,外显子区域SSR位点最少,单核苷酸为栀子的优势重复基序,占总SSR的64.60％.从设计的SSR引物中挑选80对进行PCR扩增,85％的引物能够扩增成功.利用筛选出的9对高多态性SSR引物,对6个栀子居群进行遗传多样性分析,共检测到64条扩增条带,其中多态性条带62条,居群总遗传多样性(Ht)为0.246,居群内遗传多样性(Hs)为0.210,Nei's基因分化系数(Gst)为0.146,基因流(Nm)为2.923.聚类分析结果显示,地理位置相邻的重庆、贵州、四川居群聚为一类,福建、浙江、江西居群聚为另一类.结论 基于全基因组序列开发栀子SSR标记是一种高效的途径,可用于栀子的分类鉴定及分子标记辅助育种.
文献关键词：
栀子;全基因组;SSR标记;遗传多样性分析
中图分类号：
作者姓名：
刘春雷;胡开治;刘燕琴;曹敏;唐祥友;陈艾萌
作者机构：
重庆市药物种植研究所,特色生物资源研究与利用川渝共建重点实验室,重庆 408435;四川省内江市农业科学院,四川 内江 641000
文献出处：
引用格式：
[1]刘春雷;胡开治;刘燕琴;曹敏;唐祥友;陈艾萌-.栀子全基因组SSR标记开发及遗传多样性分析)[J].中国中医药信息杂志,2022(10):110-115
A类：
B类：
栀子,SSR,标记开发,遗传多样性分析,居群,遗传差异,MISA,全基因组序列,Primer,软件设计,多态性检测,多态性引物,kb,外显子,子区域,单核苷酸,基序,条带,Ht,Hs,Nei,Gst,基因流,Nm,群聚,另一类,分类鉴定,分子标记辅助育种
AB值：
0.249872
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