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千穗谷TCP基因家族生物信息学分析
文献摘要：
TCP是一类与植物生长发育密切相关的转录因子.基于最新发布的千穗谷(Amaranthus hypochondriacus)基因组,本研究鉴定出16个TCP家族基因,并根据序列特征和结构域特点将其分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚类,其中ClassⅡ亚类又可分为CIN/TB1和CYC两个分支.染色体定位结果显示,千穗谷TCP家族成员不均匀地分布在6条染色体上,个别基因呈簇状分布.根据phytozome数据库信息可知,千穗谷TCP家族不同基因在各个组织中的表达模式不同,且与所属亚类相关.此外,顺式作用元件分析结果显示,AhTCP基因启动子中包含大量与生长发育、激素信号和逆境胁迫相关的元件,且不同成员所含元件的数目和类型与其直系同源基因相似.已知TCP基因是miR319的主要靶基因,根据结合位点预测发现千穗谷中CIN分支的3个成员编码区均存在miR319的作用位点.本研究为千穗谷TCP转录因子家族的功能和调控机制研究提供了理论基础.
文献关键词：
千穗谷;TCP;转录因子;miR319;基因家族
中图分类号：
作者姓名：
周涛;彭辉;喻望晨;刘宁芳;胡龙兴;徐倩
作者机构：
湖南农业大学农学院草业科学系,湖南长沙 410128
文献出处：
引用格式：
[1]周涛;彭辉;喻望晨;刘宁芳;胡龙兴;徐倩-.千穗谷TCP基因家族生物信息学分析)[J].草地学报,2022(04):867-878
A类：
千穗谷,hypochondriacus,phytozome,AhTCP,miR319
B类：
基因家族,生物信息学分析,植物生长发育,Amaranthus,家族基因,序列特征,结构域,点将,Class,亚类,CIN,TB1,CYC,染色体定位,定位结果,数据库信息,表达模式,顺式作用元件,基因启动子,激素信号,逆境胁迫,所含,直系同源基因,靶基因,结合位点,点预测,编码区,调控机制
AB值：
0.273442
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