典型文献
基于全长转录组测序的牛脂肪组织可变剪接事件分析
文献摘要：
为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析.共发现15445个基因检测到50520个可变剪接,占牛全部基因的33.4％.对这些基因进行富集分析发现,83个GO条目显著富集,这些显著富集的通路可能参与脂肪沉积网络的调控,其中16个与脂质合成及代谢相关,27条KEGG通路显著富集,其中15条与脂质合成及代谢相关.使用KOG、KEGG、NR、Swiss Prot、GO数据库对测序序列进行注释,80756条序列共注释到69259个基因,94458条CDS序列及对应的pep序列.其中GO分析中15039条序列富集到507个生物学过程条目,7907条序列富集到214个细胞组分条目,30672条序列富集到559个分子功能条目.KEGG数据分析富集到34条通路共49710条序列,其中7002条序列参与信号转导途径.以上结果表明,牛脂肪组织存在大量可变剪接事件,并且这些发生可变剪接事件的基因对脂肪沉积的调控发挥重要作用,这可从基因可变剪接角度为解析脂肪沉积的调控网络提供必要的资源和理论依据.
文献关键词：
脂肪沉积;功能注释;可变剪接;全长转录组;夷陵黄牛
中图分类号：
作者姓名：
夏晗;李凡;彭玲伟;杜玉琴;郭爱珍;杨利国;周扬
作者机构：
华中农业大学动物科学技术学院、动物医学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉430070
文献出处：
引用格式：
[1]夏晗;李凡;彭玲伟;杜玉琴;郭爱珍;杨利国;周扬-.基于全长转录组测序的牛脂肪组织可变剪接事件分析)[J].华中农业大学学报,2022(06):176-183
A类：
夷陵黄牛
B类：
全长转录组测序,脂肪组织,可变剪接,事件分析,脂肪沉积,调控网络,调控机制,PacBio,测序平台,第三代测序技术,牛腹,腹腔脂肪,皮下脂肪,转录组测序分析,基因检测,富集分析,条目,脂质合成,KOG,NR,Swiss,Prot,CDS,pep,生物学过程,信号转导途径,接角,功能注释
AB值：
0.252333
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