典型文献
狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析
文献摘要：
MAP2 K1基因属于GnRH信号通路且与哺乳动物的卵泡发育紧密相关.为研究MAP2 K1基因在狮头鹅上的基因多态性,以200羽狮头鹅为试验对象,利用DNA池结合PCR产物直接测序法,筛选出SNP位点并进行生物信息学分析.检测结果表明,在狮头鹅群体中发现1个SNP位点,为E3-63 A>G,存在3种基因型.生物信息学预测显示,MAP2 K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变,属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白,存在卷曲螺旋结构,无信号肽存在.亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9％、30.4％、8.7％,主要在细胞核发挥生物学作用;有34个磷酸化位点,有1个N-糖基化位点,1个保守结构S_TKc,蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成.MAP2K1基因突变前后mRNA的最小自由能,质心发生二级结构,含有假结的mRNA二级结构、折叠结构、MaxExpect结果、点-括号结果、最小自由能、mRNA结构的热力学集合、质心结构所形成的山地图发生改变,且自由能上升,结构稳定性变弱.从狮头鹅MAP2K1基因的11个外显子上检测出1个SNP位点,MAP2K1基因突变前后改变mRNA二级结构,为进一步研究MAP2K1基因对狮头鹅产蛋数量提供参考.
文献关键词：
狮头鹅;MAP2K1基因;SNP;多态性;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
陈新企;周光现;王慧芳;李立先;贾汝敏;赵志辉
作者机构：
广东海洋大学滨海农业学院,广东湛江524088;饶平浮滨狮头鹅原种繁育基地有限公司,广东饶平521000
文献出处：
引用格式：
[1]陈新企;周光现;王慧芳;李立先;贾汝敏;赵志辉-.狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析)[J].江苏农业科学,2022(11):43-53
A类：
TKc,MaxExpect
B类：
狮头鹅,MAP2K1,SNP,生物信息学分析,GnRH,哺乳动物,卵泡发育,基因多态性,直接测序,鹅群,E3,基因型,基因突变,亲水性,卷曲螺旋,螺旋结构,信号肽,亚细胞定位,细胞核,细胞质,细胞支架,核发,生物学作用,磷酸化,糖基化位点,蛋白二级结构,无规则,自由能,质心,有假,假结,折叠结构,括号,心结,结构稳定性,变弱,外显子,产蛋数
AB值：
0.279157
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