典型文献
2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征
文献摘要：
运用生物信息学方法初步分析CRISPR-Cas9和Cpf1在苹果中的整体适用性特征,以期为苹果基因组编辑和CRISPR-Cas在苹果研究中的推广使用提供一定的参考和便利.结果表明,苹果染色体中有数量可观的PAM,平均间隔7 bp碱基有1个5'-NGG、间隔3 bp有1个5'-TTN;也就是说5'-TTN比5'-NGG的出现频率高.SpCas9、FnCpf1分别有29.0％、26.9％的作用位点几乎覆盖了所有染色体基因,个别不能被SpCas9识别的基因能被FnCpf1识别,反之亦然.苹果的CRISPR靶序列有大量重复,单一靶序列被视为能被Cas蛋白特异识别并有效编辑.在靶序列长度为20 nt时,99.5％的染色体基因可至少被其中1种Cas蛋白编辑,分别具有不同的可编辑度搭配;其中的237个基因只能被1种Cas蛋白编辑,填补了另一种Cas蛋白留下的编辑空白,另有220个染色体基因(0.5％)不能被任一种Cas蛋白编辑,即2种Cas蛋白同时留下编辑空白,没有互补.
文献关键词：
苹果;CRISPR-Cas;适用性特征;PAM出现频率;基因编辑
中图分类号：
作者姓名：
岳鹏;高海琴;李哲;米志波;郑博;赵彦敏
作者机构：
张家口开放大学,河北张家口075000;张家口市第六中学,河北张家口075000;河北省张家口市涉密载体管理中心,河北张家口075000
文献出处：
引用格式：
[1]岳鹏;高海琴;李哲;米志波;郑博;赵彦敏-.2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征)[J].江苏农业科学,2022(07):43-51
A类：
FnCpf1
B类：
CRISPR,苹果,适用性特征,生物信息学方法,初步分析,基因组编辑,PAM,bp,碱基,NGG,TTN,也就是说,SpCas9,有染,染色体基因,反之亦然,靶序列,列有,大量重,nt,别具,可编,任一,基因编辑
AB值：
0.279255
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