典型文献
紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析
文献摘要：
以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索.使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析.结果表明,共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11 482个,出现频率为6.93％,平均距离为20.92 kb,平均长度为20.80 bp.紫芽六堡茶转录组SSR中,双碱基重复是主要的重复类型,占总SSR的19.03％,GA/TC、GAA/TTC、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT分别是双碱基、三碱基、四碱基、五碱基的优势重复单元.序列长度大于20 bp的SSR位点数占总SSR的44.05％,其中长度为24 bp的SSR位点数最多,占SSR总数的16.01％.说明紫芽六堡茶转录组SSR种类丰富、可用性高、多态性高.通过对SSR位点的分布特征和序列特征进行分析,可为后续六堡茶的进化、品种鉴定、分子育种等研究提供依据.
文献关键词：
茶树;六堡茶;转录组;SSR位点;序列分析
中图分类号：
作者姓名：
梁燕妮;黄银霞;魏诗琴;陈秋雨
作者机构：
梧州学院,广西梧州543002
文献出处：
引用格式：
[1]梁燕妮;黄银霞;魏诗琴;陈秋雨-.紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析)[J].江苏农业科学,2022(03):42-48
A类：
ATTT,AAAAG,CTTTT
B类：
紫芽,六堡茶,SSR,序列分析,梧州,MISA,转录组测序,unigene,总长度,bp,Excel,基元,元组,处理分析,共在,符合条件,kb,平均长度,碱基,重复类型,GAA,TTC,AAAT,数占,数最多,可用性,多态性,序列特征,品种鉴定,分子育种,茶树
AB值：
0.334315
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