典型文献
牦牛发情期与妊娠期转录本及剪切事件研究
文献摘要：
[目的]获取发情期与妊娠期牦牛卵巢组织的转录组信息,挖掘发情期与妊娠期牦牛卵巢差异表达转录本(differentially expressed transcripts,DETs)及其功能信息,分析牦牛发情期和妊娠期繁殖过程的分子机制,为进一步探析牦牛繁殖性能提供理论基础.[方法]选择青海省海晏县一牧民自然放牧牛群中处于发情期和妊娠期牦牛各3,头屠宰后采集卵巢,利用Oxford Nanopore Technologies(ONT)单分子实时电信号测序技术,进行全长转录组测序,借助Astalavista软件鉴定牦牛发情期和妊娠期的可变剪切(AS)事件类型,采用TAPIS pipeline来识别可变多聚腺苷酸化(APA).[结果]在牦牛发情期共出现2479次AS事件,妊娠期共出现2053次AS事件.牦牛发情期共鉴定出9189个基因发生APA;妊娠期共鉴定出8924个基因发生APA.与发情期相比,妊娠期牦牛卵巢组织中共鉴定得到差异表达转录本3562个,妊娠期较发情期上调转录本有1693个,下调转录本有1896个;GO分析发现,差异表达转录本集中于细胞过程、单一组织过程和生物调节.其中与牦牛繁殖相关的有繁殖、繁殖过程、节律等过程,涉及细胞、细胞器成分等细胞组分,参与结合、催化活性等分子功能;KEGG分析发现,差异表达转录本共参与到203条信号通路.其中,PI3K-Akt信号通路、细胞内吞作用、剪切体和氧化磷酸化是关键通路.牦牛繁殖相关通路还有MAPK信号通路、雌激素信号通路(estrogen signaling pathway)、孕酮介导卵母细胞成熟(progesterone-mediated oocyte maturation)、细胞周期(cell cycle)、催产素信号通路(oxytocin signaling pathway)和卵母细胞减数分裂(oocyte meiosis)等.利用第3代测序技术对牦牛发情期与妊娠期卵巢组织的转录组进行测序和分析,揭示了牦牛不同生理状态下卵巢组织差异表达转录本的数量,获得了差异表达转录本的功能、分类和相关信号通路.[结论]为丰富牦牛卵巢组织转录组信息,为开展牦牛发情期与妊娠期相关基因的研究及分子调控机制奠定基础.
文献关键词：
牦牛;发情期;妊娠期;转录本;可变剪切;可变多聚腺苷酸化
中图分类号：
作者姓名：
王进娥;麻俊渊;陈舟;李书元;李洋;霍生东;杨艳梅;扎西英派
作者机构：
西北民族大学生命科学与工程学院,甘肃 兰州 730030
文献出处：
引用格式：
[1]王进娥;麻俊渊;陈舟;李书元;李洋;霍生东;杨艳梅;扎西英派-.牦牛发情期与妊娠期转录本及剪切事件研究)[J].甘肃农业大学学报,2022(06):1-9
A类：
DETs,Astalavista,TAPIS
B类：
牦牛,发情期,妊娠期,切事,事件研究,卵巢组织,差异表达转录本,differentially,expressed,transcripts,繁殖性能,青海省,海晏县,牧民,放牧,牧牛,牛群,屠宰,Oxford,Nanopore,Technologies,ONT,单分子,子实,电信号,全长转录组测序,软件鉴定,可变剪切,AS,事件类型,pipeline,可变多聚腺苷酸化,APA,共出,调转,本有,组织过程,节律,细胞器,催化活性,PI3K,Akt,细胞内吞,剪切体,氧化磷酸化,相关通路,MAPK,雌激素信号通路,estrogen,signaling,pathway,孕酮,卵母细胞成熟,progesterone,mediated,oocyte,maturation,细胞周期,cell,cycle,催产素,oxytocin,减数分裂,meiosis,生理状态,组织差异表达,分子调控机制
AB值：
0.291501
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