典型文献
瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
文献摘要：
文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据.利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO(Gene Ontology)注释和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.在瓦氏黄颡鱼全基因组(约663.53 Mb)中筛查到6种完整型微卫星共417724个,相对丰度为630个·Mb?1,在全基因组总长度中占比1.48％.其中二碱基重复类型的微卫星个数最多,占微卫星总数的43.36％,其他依次分别是单碱基(39.02％)、四碱基(9.05％)、三碱基(7.34％)、五碱基(1.12％)和六碱基(0.12％).对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位,发现其中10924个微卫星分布在外显子区,共定位到5788个基因上.GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多,GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程.KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路,其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著(P=0).联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关.
文献关键词：
瓦氏黄颡鱼;基因组;微卫星;分布规律
中图分类号：
作者姓名：
彭冶;李杰;王涛;张凯;宁先会;暨杰;尹绍武
作者机构：
南京师范大学 海洋科学与工程学院/江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心,江苏 南京 210023
文献出处：
引用格式：
[1]彭冶;李杰;王涛;张凯;宁先会;暨杰;尹绍武-.瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究)[J].南方水产科学,2022(01):90-98
A类：
MIcroSAtellite
B类：
瓦氏黄颡鱼,全基因组,Pelteobagrus,vachelli,相关功能,微卫星分子标记,MISA,identification,tool,外显子,Ontology,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,富集分析,Mb,查到,完整型,相对丰度,总长度,中二,碱基,重复类型,数最多,选得,初步定位,子区,共定位,生物过程,条目,结合活性,大分子,分子代谢,代谢过程,共富集,中黄,黄酮醇,生物合成,联合分析,分析预测,生物代谢
AB值：
0.337204
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