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基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究
文献摘要：
目的 分析一起甲型副伤寒暴发疫情菌株的分子分型特征,为病原菌的确定和暴发疫情的防控提供科学依据.方法 利用生化试验、血清学试验对病原菌进行鉴定,并将分离到的病原菌进行微量肉汤稀释法药物敏感性试验、PFGE分子分型分析、全基因组测序,利用全基因组数据与沙门菌MLST标准数据库比对获得序列型别(ST)、cgMLST序列号以及rMLST序列号并进行聚类分析,通过细菌基因组分析平台fIDBA分析病原菌的耐药、毒力相关基因.结果 11株沙门菌血清型均为甲型副伤寒沙门菌,具有100％相似性的PFGE带型,MLST、cgMLST、rMLST的型别均分别为ST129型、cgST-2191型、rST3678型,表明此次暴发疫情菌株从分子特征角度可诊断为同一传染源导致.对萘啶酸100％耐药,对链霉素100％中介.发现本次疫情菌株基因组均携带29种耐药基因.通过毒力因子数据库比对,均携带21类250种已知毒力基因,其中以Ⅲ型分泌系统、粘附、鞭毛等最为常见.结论 本次暴发疫情是由共同来源的、具有相同分子分型特征的甲型副伤寒沙门菌引起.在病原溯源研究中,应用全基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及毒力基因、耐药基因携带情况,可以作为替代PFGE、MLST的技术用于更精准的传染病分子流行病学调查分析研究.
文献关键词：
甲型副伤寒沙门菌;全基因组测序;耐药基因;毒力基因;分子分型
中图分类号：
作者姓名：
李毅;谢爱蓉;谢中必
作者机构：
温州市疾病预防控制中心,温州 325001
文献出处：
引用格式：
[1]李毅;谢爱蓉;谢中必-.基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究)[J].中国人兽共患病学报,2022(10):898-905
A类：
甲型副伤寒沙门菌,rMLST,fIDBA,ST129,cgST,rST3678
B类：
全基因组测序,暴发疫情,情分,分离株,分子特征,分子分型,生化试验,血清学试验,微量肉汤稀释法,药物敏感性试验,PFGE,基因组数据,库比,型别,cgMLST,序列号,过细,细菌基因组,基因组分析,分析平台,毒力相关基因,血清型,带型,一传,传染源,萘啶酸,链霉素,耐药基因,毒力因子,毒力基因,分泌系统,粘附,鞭毛,同来,溯源研究,精细分析,遗传进化,进化特征,亲缘关系,分子流行病学,流行病学调查分析
AB值：
0.230965
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