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1株9型猪链球菌全基因组分析
文献摘要：
目的 探索9型猪链球菌基因组功能及遗传关系.方法 采用生物信息学方法对1株9型猪链球菌强毒株GD18的全基因组序列进行注释,并与GenBank上的15株猪链球菌进行比较基因组学分析.结果 GD18菌株基因组全长2067 661 bp,总蛋白1 961个,注释到COG、GO、KEGG、CAZy和PHl-base数据库的基因分别占总蛋白的77.05％、71.29％、43.91％、4.49％和3.37％.毒力因子分析表明猪链球菌毒力因子的复杂以及并非所有的猪链球菌菌株都有一套通用的毒力因子.耐药基因分析表明GD18含多种类的耐药基因,且存在丰富的外排系统.蛋白预测结果显示GD18具有114个信号肽蛋白和30个分泌蛋白.16个菌株基因组比较分析发现共有的核心基因为1 244个,非共有基因共1 685个,特有基因共1 417个.进化分析表明GD18与加拿大分离株89-3576-3亲缘关系最近,且国内菌株基本处在不同分支.结论 对1株9型猪链球菌分离株的全基因组、基因功能、进化关系等进行分析,为9型猪链球菌基因组整体水平的研究奠定基础和提供数据支撑.
文献关键词：
猪链球菌;9型;基因组分析;基因注释
中图分类号：
作者姓名：
席小燕;李晓琪;陈家苑;彭凌
作者机构：
韶关学院医学院,韶关512026;韶关学院英东生物与农业学院,韶关512005
文献出处：
引用格式：
[1]席小燕;李晓琪;陈家苑;彭凌-.1株9型猪链球菌全基因组分析)[J].中国人兽共患病学报,2022(08):707-713
A类：
PHl
B类：
猪链球菌,全基因组分析,遗传关系,生物信息学方法,毒株,GD18,全基因组序列,GenBank,比较基因组学分析,基因组全长,bp,总蛋白,COG,CAZy,base,毒力因子,耐药基因,基因分析,外排,信号肽,分泌蛋白,基因组比较,核心基因,进化分析,加拿大,分离株,亲缘关系,本处,基因功能,进化关系,基因注释
AB值：
0.265374
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