典型文献
基于转录组测序的高羊茅分蘖与株高相关差异表达基因分析
文献摘要：
分蘖与株高是禾本科草类植物重要的农艺性状,明确参与调控分蘖与株高的基因类型对牧草和草坪草分子辅助育种具有重要意义.以表型差异明显的两个高羊茅品种"Kentucky-31"(K31)和"Regenerate"为材料,旨在构建高羊茅分蘖节转录组图谱,挖掘在分蘖节部位调控生长发育相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).基于高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500×Miseq 300进行转录组测序,并将得到的数据进行de novo组装,结果共获得77872条单基因簇(unigene).将获得的unigenes与非冗余蛋白数据库(non-redundant protein database,NR)、蛋白质数据库(universal protein,Uniprot)、基因本体数据库(gene ontology,GO)、东京基因与基因组数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)以及直系同源蛋白簇(clusters of orthologous groups,COG)数据库进行比对,结果显示:分别有59927、40213、44447、15146和13767条unigenes成功获得注释."Regenerate"与"K31"对比有1573个上调DEGs和1441个下调DEGs.GO富集分析发现,DEGs主要富集在细胞、细胞组分、大分子复合物组装等生物过程.DEGs中共注释到42个差异表达转录因子,主要包括TCP、WRKY和ARF等19种类型.还注释到与8类植物激素相关的DEGs,包括生长素、细胞分裂素、脱落酸、赤霉素、乙烯、油菜素甾醇、水杨酸和茉莉酸.利用实时荧光定量PCR对DEGs进行表达模式验证,发现其与RNA-Seq测序结果一致,证实了测序结果的准确性.研究结果丰富了高羊茅的转录组序列资源,初步获得控制株高及分蘖发育的候选因子,为进一步开展基因功能及分子育种研究提供了理论支持.
文献关键词：
高羊茅;转录组测序;差异表达基因;转录因子;植物激素
中图分类号：
作者姓名：
杨志民;邢瑞;丁鋆嘉;庄黎丽
作者机构：
南京农业大学草业学院,江苏 南京 210095
文献出处：
引用格式：
[1]杨志民;邢瑞;丁鋆嘉;庄黎丽-.基于转录组测序的高羊茅分蘖与株高相关差异表达基因分析)[J].草业学报,2022(01):145-163
A类：
Regenerate
B类：
转录组测序,高羊茅,株高,差异表达基因分析,禾本科,草类植物,农艺性状,基因类型,牧草,草坪草,分子辅助育种,表型差异,Kentucky,K31,分蘖节,differentially,expressed,DEGs,高通量测序技术,技术平台,Illumina,HiSeq,Miseq,de,novo,共获,单基因,基因簇,unigenes,非冗余,redundant,protein,database,NR,蛋白质数据库,universal,Uniprot,基因本体,ontology,东京,基因组数据,kyoto,encyclopedia,genomes,直系,同源蛋白,clusters,orthologous,groups,COG,富集分析,大分子,复合物,生物过程,TCP,WRKY,ARF,植物激素,生长素,细胞分裂素,脱落酸,赤霉素,油菜素甾醇,水杨酸和茉莉酸,表达模式,转录组序列,基因功能,分子育种,育种研究
AB值：
0.430256
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