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猪圆环病毒2型主要蛋白编码序列的密码子偏性分析
文献摘要：
为进一步了解猪圆环病毒2型(PCV2)分子进化特点,以PCV2主要蛋白编码序列ORF1和ORF2为研究对象,对74株不同亚型(2a-2e)PCV2进行核酸组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)、中性绘图和密码自适应指数等生物信息学分析,以了解PCV2密码子使用模式及其影响因素.结果显示,相比AU含量,PCV2 GC含量较低(低于50％),但更倾向于使用以C和U结尾的密码子;RSCU值和对应分析显示在密码子使用上,各亚型PCV2间差异较小,但PCV2各亚型与寄主Sus.s间则存在较大的差异;ENC分析和中性分析显示,相比突变压力,各亚型PCV2密码子使用模式受到较大程度的自然选择的影响;CAI值分析结果进一步确定,相比PCV2 c和PCV2 e,PCV2 a、2 b和2 d在密码子使用上更适应其寄主.论文揭示了自然选择是影响PCV2密码子使用模式的重要因素,并分析了影响各PCV2亚型流行的因素,该结果有助于PCV2分子进化的研究和理解该病毒在其寄主内翻译的机制.
文献关键词：
猪圆环病毒2型;亚型;基因;密码子;密码子偏性
中图分类号：
作者姓名：
冯华;刘运超;李青梅;金前跃;张改平
作者机构：
河南省农业科学院 动物免疫学重点实验室/河南省动物免疫学重点实验室/农业部动物免疫学重点实验室,河南郑州 450002
文献出处：
引用格式：
[1]冯华;刘运超;李青梅;金前跃;张改平-.猪圆环病毒2型主要蛋白编码序列的密码子偏性分析)[J].动物医学进展,2022(05):36-41
A类：
B类：
猪圆环病毒,蛋白编码,编码序列,密码子偏性,PCV2,分子进化,ORF1,ORF2,不同亚型,2a,2e,同义密码子,使用频率,RSCU,有效密码子数,ENC,绘图,生物信息学分析,使用模式,AU,结尾,对应分析,寄主,Sus,突变压力,自然选择,CAI,内翻
AB值：
0.268719
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