典型文献
质谱SARAMIS软件比对分析功能快速筛查高毒力肺炎克雷伯菌的效果评估
文献摘要:
目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI?TOF MS)SARAMIS软件快速区分高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)与经典肺炎克雷伯菌(cKP)的能力.方法 收集2020年11月—2021年10月承德医学院附属医院临床分离非重复肺炎克雷伯菌(KP)共199株,采用MALDI?TOF MS技术对KP菌株进行鉴定.PCR扩增peg?344、rmpA和iucA毒力基因,以上述3种基因同时检测阳性作为hvKP区别于cKP的诊断标准.随机取其中90株KP分为hvKP(47株)组和cKP(43株)组,建立快速鉴别hvKP和cKP的筛选模型.菌株经梅里埃质谱仪检测并采集蛋白质图谱,收集两组细菌的蛋白质图谱导入质谱科研库SARAMIS软件进行修饰放大比对分析,肉眼观察上述图谱筛选出有明显差异的蛋白质峰,分别计算有差异的质荷比处蛋白质峰面积(area,A)与强度(intensity,I)的比值(A/I值).将两组细菌的A/I值导入SPSS 26.0软件进行统计分析,利用受试者工作特征(ROC)曲线评估上述有统计学差异A/I值的临床诊断效果.采取盲法对另外109株菌株进行验证研究,评价A/I研究指标鉴别hvKP和cKP的诊断价值.结果 peg?344、rmpA、iucA毒力基因检测显示hvKP占全部菌株的39.7%.筛选模型中,hvKP和cKP两组细菌的相同质荷比处有明显A/I值差异的蛋白质峰分别位于质荷比4154±5、4185±5、4366±5、4765±5处,hvKP和cKP组间比较差异有统计学意义(P<0.01).ROC曲线结果显示,质荷比4154处蛋白质峰的A/I值的曲线下面积(AUC)为0.892,A/I值的临界值为47.87时约登指数最大,诊断效能最高,其敏感性为91.5%,特异性为86.0%,其余3处质荷比蛋白质峰A/I值的AUC均<0.5,诊断价值不高.以质荷比4154处A/I值为研究指标,对另外109株菌进行盲测检验,结果显示质荷比4154处A/I值≥47.87时区分hvKP与cKP的敏感性和特异性分别为87.5%、85.7%.结论 质谱技术能较快速、准确地区分hvKP和cKP,质荷比4154处A/I值≥47.87有望成为预测hvKP的潜在研究指标.首次提出质谱蛋白质峰A/I值作为参数用以鉴定hvKP和cKP,为MALDI?TOF MS应用于快速筛选hvKP提供新思路.
文献关键词:
高毒力肺炎克雷菌;经典肺炎克雷伯菌;毒力基因;质荷比蛋白质峰峰面积/强度;质谱仪;SARAMIS软件
中图分类号:
作者姓名:
王惠;温海楠;张宗伟;闫妹姝;张盼;梁悦怡;刘焱超;谢守军
作者机构:
承德医学院附属医院南区检验科,河北承德067000
文献出处:
引用格式:
[1]王惠;温海楠;张宗伟;闫妹姝;张盼;梁悦怡;刘焱超;谢守军-.质谱SARAMIS软件比对分析功能快速筛查高毒力肺炎克雷伯菌的效果评估)[J].临床检验杂志,2022(11):857-862
A类:
高毒力肺炎克雷菌
B类:
SARAMIS,软件比对,比对分析,快速筛查,高毒力肺炎克雷伯菌,效果评估,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱,MALDI,TOF,hvKP,经典肺炎克雷伯菌,cKP,承德,医院临床,peg,rmpA,iucA,同时检测,诊断标准,快速鉴别,筛选模型,梅里,质谱仪,大比,肉眼,质荷比,峰面积,area,intensity,受试者工作特征,统计学差异,临床诊断效果,盲法,诊断价值,毒力基因检测,线结,约登指数,诊断效能,时区,质谱技术,快速筛选,峰峰
AB值:
0.214881
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