典型文献
三角鲂MHCⅠα基因全长cDNA克隆与生物信息学分析
文献摘要：
主要组织相容复合体(major histocompatibility complex,MHC)是一类具有高度多态性的分子,在脊椎动物的先天免疫应答中起到重要作用.根据已报道鱼类的MHCⅠα基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR和RACE技术克隆三角鲂MHCⅠα基因cDNA序列全长,命名为Mete-UAA,并对其进行生物信息学分析.结果显示,Mete-UAA全长为2102 bp,包含1044 bp的开放阅读框,编码347个氨基酸.编码的MHCⅠα蛋白质预测分子量为38699.18,等电点5.23,含有16个氨基酸组成的信号肽,具有亲水性,定位于细胞膜上,具有1个N-糖基化、3个O-糖基化和39个磷酸化的潜在位点.氨基酸序列同源性比对发现,Mete-UAA氨基酸序列与团头鲂同源性最高为75.79％,与草鱼同源性稍低于团头鲂,为75.25％.Mete-UAA具有MHCⅠα的典型结构特征,包含1个前导肽、3个胞外结构域、1个跨膜区和1个胞质区.二级结构分析显示,Mete-UAA蛋白质中α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲所占的比例分别为25.94％、9.22％、26.80％和38.04％.基于转录组学分析表明,感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)后三角鲂MHCⅠα基因表达呈总体下降趋势.本研究从三角鲂肝中成功克隆MHCⅠα基因,分析了其生物信息学特征,为后续研究MHCⅠα参与调控三角鲂先天免疫应答的机制提供理论基础.
文献关键词：
三角鲂;主要组织相容复合体;基因克隆;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
刘凯;谢楠;郭炜;马恒甲
作者机构：
杭州市农业科学研究院 水产研究所,浙江 杭州310024
文献出处：
引用格式：
[1]刘凯;谢楠;郭炜;马恒甲-.三角鲂MHCⅠα基因全长cDNA克隆与生物信息学分析)[J].浙江农业学报,2022(06):1162-1174
A类：
主要组织相容复合体,Mete
B类：
三角鲂,MHC,全长,cDNA,生物信息学分析,major,histocompatibility,complex,多态性,脊椎动物,先天免疫,免疫应答,鱼类,基因序列,序列设计,特异性引物,RACE,UAA,bp,开放阅读框,分子量,等电点,氨基酸组成,信号肽,亲水性,细胞膜,糖基化,磷酸化,在位,氨基酸序列,序列同源性,团头鲂,草鱼,稍低,前导,结构域,胞质区,二级结构,无规则,卷曲,转录组学分析,嗜水气单胞菌,Aeromonas,hydrophila,基因克隆
AB值：
0.297342
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
