典型文献
联合microRNA和mRNA组学对雄性小鼠随增龄生育力变化的生物信息学研究
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法筛选出小鼠睾丸组织随增龄变化的差异表达的关键miRNA和mRNA,为精子发生的研究提供新的方向.方法:检索美国国家生物技术信息中心(NCBI)的基因表达集合(GEO)数据库中关于精子发生的miRNAs和mRNA的芯片数据,确定数据集为GSE41857和GSE41858.对数据集GSE41857进行GEO2R在线分析,获得精子发生相关的差异表达miRNAs,并利用联川生物云平台预测其靶基因.对数据集GSE41858进行GEO2R在线分析,获得精子发生相关的差异表达mRNAs.将上述获得的靶基因与miRNA的靶基因取交集获得最终的差异表达基因.运用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体数据库(GO)富集和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析,应用STRING数据库构建差异表达基因相关的蛋白质互作网络.结果:对数据集GSE41857分析共获得差异表达miRNAs 52条,其靶基因17224个.对数据集GSE41858分析共得出差异表达基因619个,最终获得交集差异表达基因485个.GO富集分析生物过程(BP),主要包括精子发生、细胞分化、纤毛组装等;细胞组成(CC)主要包括细胞质、细胞核、细胞骨架等;分子功能(MF)主要包括蛋白质结合、RNA聚合酶Ⅱ序列特异性DNA结合转录因子结合、整合素结合等.差异表达基因KEGG分析获得的通路主要包括轴突引导、乙型肝炎、Hippo信号传导途径等.利用cytoscape分析前20位的hub基因分别为Tgfb1/1、Tns3、Tln1、Csk、Zyx、Capn5、Capn1、Crebbp、Plxna1、Plxna3、Plxna4、Plxnb1、Itga9、Lama5、Fras1、Pdlim3、Ccnb2、E2f1、Ncor2、Inppl1.结论:本研究构建了小鼠精子发生过程中的miRNA-mRNA调控网络,并挖掘出一些可能参与精子发生的miRNAs和新基因,为进一步阐明精子发生提供新的方向.
文献关键词：
生物信息学;microRNA;mRNA;雄性小鼠;生育力;睾丸
中图分类号：
作者姓名：
赵铭佳;宁艳春;程宇;彭阳;朱研峰;韩宝生;刘美玲;卢文红;谷翊群
作者机构：
河北省唐山市妇幼保健院 063000;北京协和医学院研究生院;国家卫生健康委科学技术研究所;河北省唐山市人民医院
文献出处：
引用格式：
[1]赵铭佳;宁艳春;程宇;彭阳;朱研峰;韩宝生;刘美玲;卢文红;谷翊群-.联合microRNA和mRNA组学对雄性小鼠随增龄生育力变化的生物信息学研究)[J].中国计划生育学杂志,2022(09):1944-1949
A类：
GSE41857,GSE41858,Tns3,Tln1,Csk,Zyx,Capn5,Plxna1,Plxna3,Plxna4,Plxnb1,Itga9,Lama5,Fras1,Pdlim3,Ccnb2,E2f1,Ncor2,Inppl1
B类：
microRNA,雄性小鼠,增龄,生育力,生物信息学研究,生物信息学方法,睾丸组织,精子发生,生物技术,信息中心,NCBI,miRNAs,集为,GEO2R,在线分析,靶基因,mRNAs,交集,差异表达基因,DAVID,基因本体,京都基因与基因组百科全书,通路分析,STRING,数据库构建,蛋白质互作网络,共获,出差,富集分析,生物过程,细胞分化,纤毛,细胞组成,CC,细胞质,细胞核,细胞骨架,MF,蛋白质结合,列特,整合素,轴突,乙型肝炎,Hippo,信号传导,传导途径,cytoscape,分析前,hub,Tgfb1,Capn1,Crebbp,研究构建,调控网络,挖掘出,新基因,明精
AB值：
0.276521
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