典型文献
梅GRF基因家族生物信息学和表达分析
文献摘要：
[目的]本文旨在对梅生长调控因子(GRF)基因家族成员进行鉴定并系统分析其基本性质、进化关系以及不同休眠时期的差异表达,以期为深入研究梅PmGRF基因功能奠定基础.[方法]利用生物信息学方法对PmGRF基因家族基因结构、保守基序、蛋白理化性质、染色体定位、共线性、顺式作用元件和进化关系等进行分析,并通过RT-qPCR技术进一步分析PmGRF基因家族在休眠芽不同时期的表达模式.[结果]PmGRF家族包含15个成员,PmGRF基因不均匀分布在6条染色体上.多数GRF蛋白富含碱性氨基酸,且GRF蛋白皆为亲水蛋白.系统进化分析表明梅、杏、扁桃和拟南芥的GRF家族被分为7个亚家族,且梅与杏GRF基因家族的同源性较高.PmGRF基因启动子上富含最多的是生长发育相关的作用元件,如与分生组织表达相关的顺式作用调控元件.共线性分析发现,PmGRF01和PmGRF02、PmGRF09和PmGRF11、PmGRF04和PmGRF14等3对基因存在节段性重复,AtGRF04和PmGRF13、AtGRF05和PmGRF04之间存在线性关系,表明它们之间具有同源性.PmGRF基因重复序列的Ka/Ks值都远小于1,说明进化过程中受纯化选择.组织器官表达分析发现,PmGRF12、PmGRF06和PmGRF09在休眠芽中的转录丰度最高,且RT-qPCR分析发现大多数PmGRF在4个休眠时期的表达量差异显著.[结论]PmGRF基本符合植物GRF基因的典型特征,根据结构和表达分析推测PmGRF12、PmGRF06和PmGRF09可能参与芽的休眠过程.
文献关键词：
梅;PmGRF基因家族;生物信息学;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
王蕊;高峰;Kenneth Omondi Ouma;倪照君;侍婷;高志红
作者机构：
南京农业大学果树生物技术实验室/园艺学院,江苏 南京210095
文献出处：
引用格式：
[1]王蕊;高峰;Kenneth Omondi Ouma;倪照君;侍婷;高志红-.梅GRF基因家族生物信息学和表达分析)[J].南京农业大学学报,2022(06):1140-1149
A类：
PmGRF,PmGRF01,PmGRF02,PmGRF09,PmGRF11,PmGRF04,PmGRF14,AtGRF04,PmGRF13,AtGRF05,PmGRF12,PmGRF06
B类：
基因家族,表达分析,生长调控因子,基本性质,进化关系,差异表达,基因功能,利用生物,生物信息学方法,家族基因,基因结构,保守基序,染色体定位,顺式作用元件,qPCR,休眠芽,表达模式,不均匀分布,碱性氨基酸,亲水,系统进化分析,扁桃,拟南芥,亚家族,同源性,基因启动子,分生组织,组织表达,共线性分析,节段性,重复序列,Ka,Ks,组织器官,转录丰度,典型特征
AB值：
0.213439
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