典型文献
2个NBS-LRR基因在不同森林草莓生态型中的遗传变异分析
文献摘要：
[目的]本文旨在研究取自欧洲不同生态环境下的森林草莓生态型中的2个NBS-LRR抗病基因,揭示不同生态型中同一基因的遗传变异特征.[方法]选取森林草莓中具有代表性的2个NBS-LRR基因为目的基因,从不同森林草莓生态型中对其进行PCR扩增、测序并得到相应的核苷酸序列.利用ProtParam网站分析其理化性质;利用MEGA v7.0和DNAMAN v7.0对核苷酸序列以及蛋白序列进行多重比对,查找序列突变位点;利用Pfam、SMART、COILS等网站分析基因编码蛋白质的结构域组成;利用MEGA v7.0计算2个基因中不同生态型之间的Ka/Ks值、Pi值并构建系统进化树,分析其受到的选择压力及遗传进化关系.[结果]以'Hawaii4'的序列为参照,FvH4_5g22710和FvH4_1g15230基因在某些森林草莓生态型中发生了点突变和缺失突变.通过结构域分析可知FvH4_5g22710基因只在Rx_N结构域区段发生了突变,而在NB-ARC结构域和LRR基序中没有发生,FvH4_1g15230基因在其编码蛋白质的RPW8、NB-ARC结构域和LRR基序区段均发生了突变.进化树的拓扑结构显示,来自在同一国家的生态型,其目的基因更偏向于聚类在同一进化支上;2个基因的平均Ka/Ks值均小于1,说明它们均受到纯化选择的驱动.[结论]2个NBS-LRR基因在不同的森林草莓生态型中都有一定程度的变异,这提高了抗病基因的遗传变异程度,可能与提高森林草莓抗病性有一定关联.
文献关键词：
森林草莓;生态型;NBS-LRR基因;突变;选择压力
中图分类号：
作者姓名：
仲岩;张甜;陈钊;程宗明
作者机构：
南京农业大学园艺学院,江苏 南京210095
文献出处：
引用格式：
[1]仲岩;张甜;陈钊;程宗明-.2个NBS-LRR基因在不同森林草莓生态型中的遗传变异分析)[J].南京农业大学学报,2022(04):666-674
A类：
COILS,Hawaii4,FvH4,5g22710,1g15230,RPW8
B类：
NBS,LRR,森林草莓,生态型,遗传变异分析,取自,不同生态环境,抗病基因,变异特征,目的基因,ProtParam,MEGA,v7,DNAMAN,突变位点,Pfam,SMART,基因编码,编码蛋白,结构域,Ka,Ks,Pi,建系,系统进化树,选择压力,遗传进化,进化关系,点突变,缺失突变,Rx,区段,ARC,基序,拓扑结构,自在,抗病性
AB值：
0.232106
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