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白菜NAC基因家族全基因组鉴定及其应答春化反应的表达分析
文献摘要：
[目的]本文旨在鉴定白菜NAC(NAM-ATAF1/2-CUC2)基因家族并对其应答春化反应的表达进行分析.[方法]利用生物信息学软件及公共数据库,全基因组鉴定白菜NAC基因家族成员,并对其染色体位置、基因结构特征、进化及复制模式等进行分析;利用转录组数据和RT-qPCR技术分析白菜NAC基因的表达模式以及其应答春化反应的表达水平.[结果]白菜NAC基因家族成员共有188个,基因结构及保守基序差异较小,大部分成员含有2～6个内含子.系统进化树分析表明,白菜与拟南芥NAC基因家族成员分为7个亚簇.基因表达模式分析发现,大部分BrNAC基因表达具有组织特异性,仅少数成员在各组织中具有较高的表达丰度.春化反应转录组及RT-qPCR分析发现,白菜NAC基因家族中有5个成员(Bra004385、Bra004736、Bra031950、Bra036327、Bra033296)在白菜应答春化过程中维持较高的表达丰度.[结论]白菜NAC基因家族的扩张主要来源于基因复制事件,与拟南芥NAC基因家族关系密切,部分基因可能来自同一祖先.白菜NAC基因家族在各器官中的表达具有组织特异性,其中5个BrNAC基因在应答春化反应中具有重要作用.
文献关键词：
白菜;NAC基因家族;春化反应;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
陈国户;庞小可;李广;王浩;吴思文;温宏伟;尹倩;袁凌云;侯金锋;唐小燕;汪承刚
作者机构：
安徽农业大学园艺学院/安徽省园艺作物育种工程实验室,安徽 合肥230036;安徽省皖江蔬菜产业技术研究院,安徽 马鞍山238200;山东省济宁市鱼台县农业技术推广中心,山东 济宁272300
文献出处：
引用格式：
[1]陈国户;庞小可;李广;王浩;吴思文;温宏伟;尹倩;袁凌云;侯金锋;唐小燕;汪承刚-.白菜NAC基因家族全基因组鉴定及其应答春化反应的表达分析)[J].南京农业大学学报,2022(04):656-665
A类：
春化反应,BrNAC,Bra004385,Bra004736,Bra031950,Bra036327,Bra033296
B类：
白菜,基因家族,全基因组鉴定,表达分析,NAM,ATAF1,CUC2,利用生物,生物信息学软件,公共数据库,基因结构,转录组数据,qPCR,保守基序,内含子,系统进化树分析,拟南芥,基因表达模式,表达模式分析,有组织,组织特异性,数成,应转,基因复制事件,能来,祖先,各器官,生物信息学分析
AB值：
0.193412
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