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典型文献
珠海市HIV-1 CRF55_01B耐药及分子传播网络研究
文献摘要:
目的 了解珠海市HIV-1新确证病例中CRF55_01B毒株的耐药及分子传播网络特征.方法 对2011-2020年珠海市新确证HIV-1 CRF55_01B毒株感染者的血浆样本提取RNA,扩增pol区基因序列并测序.运用美国斯坦福大学HIVdb数据库进行耐药突变分析,利用HyPhy 2.2.4以tn93模型计算序列间的两两基因距离,以1.5%作为阈值构建HIV分子传播网络,使用Cytoscape 3.7.0将网络可视化.结果 成功扩增获得66名CRF55_01B感染者的pol区基因序列.耐药性分析发现总耐药率为9.09%,其中NNRTI和NRTI的耐药率分别为6.06%(4/66)和3.03%(2/66),耐药水平均为低度耐药.NNRTIs相关的耐药性突变V179E和E138G检出率分别为96.97%(64/66)和6.06%(4/66),NRTIs相关的耐药性突变L210 W和K70 N检出率均为1.52%(1/66).通过构建传播网络,发现45.45%(30/66)的CRF55_01B参与构成9个传播簇,其中3个传播簇包括5例现住址为外市的流动病例.结论 珠海市HIV-1 CRF55_01B毒株耐药率较高,且本市居住人口和流动人口之间可能存在HIV的相互传播,建议加强和外省市开展联合HIV分子传播网络监测.
文献关键词:
艾滋病病毒;CRF55_01B;耐药;分子传播网络
作者姓名:
周兰兰;颜欢畅;林毅雄;黄辉涛;魏泉德;周毅;黄文燕
作者机构:
珠海市疾病预防控制中心,广东珠海519000;中山大学公共卫生学院,广州510080
文献出处:
引用格式:
[1]周兰兰;颜欢畅;林毅雄;黄辉涛;魏泉德;周毅;黄文燕-.珠海市HIV-1 CRF55_01B耐药及分子传播网络研究)[J].中国艾滋病性病,2022(05):525-529
A类:
HIVdb,HyPhy,tn93,V179E,E138G,L210,K70
B类:
珠海市,CRF55,01B,分子传播网络,确证,毒株,网络特征,感染者,pol,基因序列,美国斯坦福大学,耐药突变,突变分析,两基,基因距离,Cytoscape,网络可视化,耐药性分析,耐药率,耐药水平,低度耐药,NNRTIs,传播簇,住址,外市,流动人口,互传,外省市,网络监测,艾滋病病毒
AB值:
0.224658
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