典型文献
甘蔗ScNRAMP基因家族的鉴定与生物信息学分析
文献摘要：
NRAMP蛋白(natural resistance-associated macrophage proteins)家族在植物响应重金属胁迫时具有重要作用,能够转运Fe2+、Mn2+、Zn2+和Cd2+等重金属离子.为探究甘蔗ScNRAMP基因家族的特征,该文基于甘蔗割手密基因组鉴定了ScNRAMP基因家族,并进行了理化特性、基因结构、顺式作用元件、保守基序、结构域和进化关系等分析.结果表明:甘蔗ScNRAMP基因家族含有29个成员,不均匀分布在19条染色体上;编码蛋白均为不稳定蛋白,无信号肽,亚细胞均定位在质膜上;各成员保守基序有6～10个不等,跨膜数有6～12个不等,二级结构主要构成元件为α-螺旋和无规则卷曲;顺式作用元件分析表明甘蔗ScNRAMP基因家族可能通过激素代谢参与逆境胁迫和生长发育等生物过程;利用割手密的RNA-seq转录组表达数据进行的组织特异性分析发现,ScNRAMP在甘蔗不同发育阶段的叶和茎中具有时空表达特性;进化树分析将甘蔗ScNRAMP家族成员分为3个亚家族(I、Ⅱ和Ⅲ).该研究在全基因组水平上系统地鉴定了现代栽培甘蔗祖先种之一割手密NRAMP基因家族,为进一步了解甘蔗NRAMP基因家族提供了基础,也为后续甘蔗重金属研究提供了重要候选基因.
文献关键词：
甘蔗;割手密;ScNRAMP;基因家族;重金属胁迫
中图分类号：
作者姓名：
刘营;尹泽;江姚兰;周定港
作者机构：
湖南科技大学 生命科学学院, 湖南 湘潭 411201;经济作物遗传改良与综合利用湖南省重点实验室, 湖南湘潭 411201;福建农林大学农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室, 福州 350002
文献出处：
引用格式：
[1]刘营;尹泽;江姚兰;周定港-.甘蔗ScNRAMP基因家族的鉴定与生物信息学分析)[J].广西植物,2022(11):1865-1874
A类：
ScNRAMP
B类：
甘蔗,基因家族,生物信息学分析,natural,resistance,associated,macrophage,proteins,重金属胁迫,Fe2+,Mn2+,Zn2+,Cd2+,重金属离子,割手密,理化特性,基因结构,顺式作用元件,保守基序,结构域,进化关系,不均匀分布,编码蛋白,信号肽,亚细胞,质膜,二级结构,无规则,卷曲,激素代谢,逆境胁迫,生物过程,seq,转录组,组织特异性,发育阶段,叶和茎,时空表达,表达特性,进化树分析,亚家族,全基因组,祖先,重要候选基因
AB值：
0.295053
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