典型文献
基于叶绿体基因组SNP的天台鹅耳枥谱系结构与分化分析
文献摘要：
天台鹅耳枥为中国特有的濒危植物,仅间断分布于浙江省境内,种群数量稀少,已处于极危状态.该文通过对6个自然居群(包含所有居群的母株)叶绿体基因组(cpDNA)单核苷酸多态性(SNP)研究,探讨天台鹅耳枥谱系结构与系统分化,以评估濒危状况,并提出相应的保护策略.使用TIANGEN试剂盒法提取基因组DNA,用Illumina NovaSeq 6000进行高通量测序,对获得叶绿体全基因组序列,使用在线程序OGDRAW制作cpDNA图谱,用DnaSP分析核苷酸多样性,用PopART软件进行单倍型网络构建,使用RAxML软件构建极大似然树(ML tree),用MrBayes构建Bayes tree.结果表明:(1)通过天台鹅耳枥叶绿体全基因组序列分析,发现大多数蛋白质编码基因和氨基酸序列显示出明显的密码子偏好,检测到cpLTR正向重复32个、回文重复25个、反转重复22个;SSR重复序列不同类型87个,其中大多数富含A/T,单核苷酸的数量最多.(2)在cpDNA中鉴定了314条SNPs,单核苷酸取代显示天台鹅耳枥群体属单系,分为天台县居群(THS)和景宁县居群(JST),居群单倍型之间演化关系呈现星状中心辐射.(3)所有居群核苷酸多样性的变异均较低(Pi<0.005),JST居群和THS居群单倍型多样性较低(Hd为0.5～0.6),显示出天台鹅耳枥在历史上遇到瓶颈后曾发生局部扩张,居群间呈现较大的遗传分化,居群内具有较低的遗传变异与居群间较高的分化水平.通过对cpDNA SNP的研究,揭示天台鹅耳枥的遗传多样性和谱系分化,为濒危植物天台鹅耳枥种质资源保护和遗传拯救提供理论依据.
文献关键词：
天台鹅耳枥;叶绿体基因组;单核苷酸多态性;谱系结构;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
陈模舜;杨仲毅
作者机构：
台州学院 生命科学学院,浙江省植物进化生态学与保护重点实验室,浙江 台州318000
文献出处：
引用格式：
[1]陈模舜;杨仲毅-.基于叶绿体基因组SNP的天台鹅耳枥谱系结构与分化分析)[J].广西植物,2022(10):1703-1716
A类：
TIANGEN,OGDRAW,PopART,RAxML,cpLTR
B类：
叶绿体基因组,天台鹅耳枥,谱系结构,中国特有,濒危植物,间断分布,种群数量,稀少,居群,母株,cpDNA,单核苷酸多态性,保护策略,试剂盒法,Illumina,NovaSeq,叶绿体全基因组,在线程序,DnaSP,核苷酸多样性,网络构建,软件构建,极大似然,tree,MrBayes,过天,全基因组序列分析,蛋白质编码基因,氨基酸序列,密码子偏好,回文,SSR,重复序列,SNPs,单系,天台县,THS,景宁县,JST,星状,Pi,单倍型多样性,Hd,在历史上,遗传分化,遗传变异,遗传多样性,谱系分化,种质资源保护,拯救,系统发育
AB值：
0.279833
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