典型文献
葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析
文献摘要：
【目的】获得葡萄病毒B（Grapevine virus B，GVB）内蒙古分离物全基因组序列，并且分析该病毒基因组结构及与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系。【方法】以阳光玫瑰葡萄叶片为样品，提取RNA，根据NCBI中Genbank数据库中已报道的22条GVB全基因组序列的保守区分别设计3对GVB基因片段扩增所用引物，采用RT-PCR结合RACE技术，克隆GVB全基因组序列，并进行序列分析和同源性比对以及系统进化关系的分析。【结果】成功获得了2个GVB内蒙古分离物全长基因组（GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2），大小均为7609 nt，均编码5个开放阅读框（open reading frame，ORF）。GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2分离物与22个已报道的GVB分离物全基因核苷酸一致性分别为74.9%~96.5%和74.8%~96.4%。系统发育分析结果表明，24个GVB分离物基于全基因组序列构建的进化树分为2个大组，基于外壳蛋白(coat protein，CP)基因序列构建的进化树分为4组。本研究中2个GVB内蒙古分离物与加拿大分离物（登录号：MZ440726）的亲缘关系最近，一致性分别为96.5%、96.4%。在24个GVB全长基因组序列间无重组事件。【结论】首次获得GVB内蒙古分离物的全基因组序列，分析了基因组的基本特征，并且阐明了该病毒与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系，为我国GVB分类地位、病毒进化规律研究，以及后续开展侵染性克隆奠定了一定基础。
文献关键词：
葡萄病毒B;基因组;系统发育分析;重组
中图分类号：
作者姓名：
刘晓萌;张磊;李小燕;付崇毅;宋培玲;孙平平;李正男
作者机构：
内蒙古农业大学园艺与植物保护学院,呼和浩特 010018;内蒙古农牧业科学院,呼和浩特 010031
文献出处：
引用格式：
[1]刘晓萌;张磊;李小燕;付崇毅;宋培玲;孙平平;李正男-.葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析)[J].果树学报,2022(10):1911-1921
A类：
Grapevine,GVB,MZ440726
B类：
分离物,全基因组序列分析,virus,病毒基因组,基因组结构,序列一致性,系统进化,进化关系,阳光玫瑰葡萄,葡萄叶片,NCBI,Genbank,引物,RACE,同源性,全长,Hohhot,nt,开放阅读框,open,reading,frame,ORF,系统发育分析,进化树,外壳蛋白,coat,protein,CP,基因序列,加拿大,登录号,亲缘关系,分类地位,病毒进化,进化规律,侵染性克隆
AB值：
0.212196
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