典型文献
食管癌基因芯片的生信分析
文献摘要：
目的：食管癌是常见的消化道肿瘤，晚期食管癌恶性程度极高，且缺乏有效的靶向药物控制肿瘤，本文以食管癌表达谱芯片数据为基础，通过生物信息技术分析食管癌基因差异的表达，筛选与食管癌发生发展的关键基因，从而靶向治疗提供新的研究方向。方法：通过GEO储存库下载数据GSE92396,通过分析GE02R数据筛选出差异表达的基因。采用DAVID进行KEGG和GO（分子性能、细胞组成和生物学过程）进行通路富集分析，并通过STRING在线软件进行蛋白互做分析，借助Cytoscape工具提取蛋白质相互作数据网络中的核心基因，由GEPIA验证数据库对其的差异表达及生存预后状况。结果：研究发掘共有428个差异表达基因，其173个为上调基因，255个为下调基因(在调整之后P<0.05，llog2FCI>2)。通过GO本体分析(P<0.05)发现，其分子功能主要包括：钙离子结合、蛋白酶结合、生长因子活性等。它们主要介入“蛋白水解、细胞粘附、氧化还原过程、表皮生长发育、细胞分化、血管生成、细胞增殖的正调控及负调控等生物学过程。其细胞组成提示主要表达于“外泌体、细胞膜、细胞外基质等”。在KEGG富集通路分析显示，我们筛选的基因主要富集在如下信号通路：阿米巴病信号通路、蛋白质消化吸收、糖代谢、药物代谢、酪氨酸代谢等。结论：STRING及Cytoscape进一步挖掘出10个跟食管癌发生发展关联性较大的基因，通过GEPIA数据库分析这10个基因，结果显示其表达情况与TCGA及GTEx数据库一致，并发现FN1、SPP1、COL1A1基因与食管癌无疾病进展生存期显著相关。
文献关键词：
生物信息学分析;食管癌;差异基因;GO分析;KEGG分析
中图分类号：
作者姓名：
廖佳
作者机构：
清远市人民医院胸外科，广东清远 511500
文献出处：
引用格式：
[1]廖佳-.食管癌基因芯片的生信分析)[J].康颐,2022(05):281-286
A类：
GSE92396,llog2FCI
B类：
癌基因,基因芯片,生信分析,消化道肿瘤,晚期食管癌,恶性程度,靶向药物,药物控制,表达谱芯片,生物信息技术,关键基因,靶向治疗,GEO,储存库,下载数据,GE02R,数据筛选,出差,DAVID,细胞组成,生物学过程,通路富集分析,STRING,Cytoscape,作数,数据网络,核心基因,GEPIA,生存预后,差异表达基因,钙离子,离子结合,蛋白水解,细胞粘附,氧化还原,还原过程,细胞分化,血管生成,正调控,负调控,外泌体,细胞膜,细胞外基质,富集通路,通路分析,阿米巴病,消化吸收,糖代谢,药物代谢,酪氨酸,酸代谢,挖掘出,发展关联,数据库分析,TCGA,GTEx,FN1,SPP1,COL1A1,无疾病进展生存期,生物信息学分析,差异基因
AB值：
0.413709
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