典型文献
基于WGCNA研究斑马鱼脊髓损伤潜在靶点与分子机制
文献摘要：
目的:脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)是一种可能产生严重后遗症的创伤,机械损伤后继发的炎症反应及胶质瘢痕阻碍了神经功能修复.当前对于SCI分子机制的研究尚有诸多盲点.斑马鱼在脊髓横断后仍能完全再生,提示其中存在特殊的SCI修复机制.因此本研究使用加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA)分析斑马鱼SCI芯片数据,寻找与SCI相关的核心基因和通路.方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取GSE182868斑马鱼SCI芯片数据.使用Rstudio处理数据构建WGCNA网络,提取与SCI最相关模块基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)分析.提取核心基因进行生信基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA),探究核心基因的生理功能.结果:芯片数据标准化处理后获得基因16173个,构建WGCNA网络获得模块14个,其中黑色模块与SCI最相关,提取核心基因:myadma、mbpa、tuft1a、mhc1haa.黑色模块GO分析:生物过程(Biological Processes,BP)分析;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析显示:与类固醇生物合成(Steroid biosynthesis)通路及FOXO信号通路(FOXO signaling pathway)相关.核心基因的单基因GSEA分析结果表明,高表达myadma基因的样本和核糖体通路激活有关,而高表达mbpa、tuft1a和mhc1haa基因的样本与溶酶体、类固醇生物合成通路激活有关.结论:本研究筛选出与SCI相关的4个核心基因:myadma、mbpa、tuft1a、mhc1haa,预测其可能通过类固醇生物合成和FOXO信号通路调控斑马鱼SCI的完全修复..
文献关键词：
脊髓损伤;斑马鱼;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
许杨;宋德志;刘倩;徐家科
作者机构：
广西医科大学第一附属医院创伤骨科手外科再生医学研究中心 广西壮族自治区南宁市 530000;广西医科大学再生医学重点实验室 广西壮族自治区南宁市 530000
文献出处：
引用格式：
[1]许杨;宋德志;刘倩;徐家科-.基于WGCNA研究斑马鱼脊髓损伤潜在靶点与分子机制)[J].特别健康,2022(07):26-27
A类：
GSE182868,myadma,mbpa,tuft1a,mhc1haa
B类：
WGCNA,斑马鱼,脊髓损伤,潜在靶点,spinal,cord,injury,SCI,后遗症,机械损伤,后继,胶质瘢痕,神经功能修复,尚有,盲点,断后,修复机制,加权基因共表达网络,Weighted,Co,Expression,Network,Analysis,核心基因,基因表达综合数据库,Omnibus,GEO,Rstudio,基因本体论,Ontology,生信,基因富集分析,Set,Enrichment,GSEA,生理功能,数据标准化,标准化处理,生物过程,Biological,Processes,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,通路分析,类固醇,Steroid,biosynthesis,FOXO,signaling,pathway,单基因,核糖体,溶酶体,生物合成通路,生物信息学分析
AB值：
0.324558
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
