典型文献
深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响
文献摘要：
目的 通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadeny-lation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因及上游RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP).方法 从SNP2APA数据库下载泛癌顺式和反式apaQ T L数据,用R语言分析肝细胞癌apaQ T L的分布特征.根据位置提取apaQ T L上下游50 bp范围内的序列,使用STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL.利用Tomtom挖掘潜在调控APA的上游RBP,并通过ENCODE以及TCGA预后数据分别验证RBP在APA调控和肝细胞癌发生发展中的重要性.将apaQTL和表达数量性状位点(expression quantitative trait locus,eQTL)进行共定位,并结合差异表达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因.结果 通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝细胞癌顺式apaQ T L在其他癌症中广泛出现,而反式apaQ T L在肝细胞癌中具有特异性.通过对apaQ T L进行基序分析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQ T L.其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨酰-tRNA合成酶(leucyl-tRNA synthetase,LARS)基因的转录本增长.进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相关.通过预测新的apaQ T L基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding protein 2,PCBP2]参与肝细胞癌APA事件的调控,并与预后相关.进一步分析表明,预后显著的apaQTL rs115865883和rs150628203可能影响PCBP2与转录本的结合.通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因.结论 研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于apaQTL相关分析,发现RBP PCBP2可调控肝细胞癌的APA事件及预后.
文献关键词：
肝细胞癌;可选择性多聚腺苷酸化;遗传变异;RNA结合蛋白
中图分类号：
作者姓名：
武肖红;余展晖;牛晓辉;杨彦波;龚静
作者机构：
华中农业大学信息学院,农业生物信息湖北省重点实验室,武汉 430070
文献出处：
引用格式：
[1]武肖红;余展晖;牛晓辉;杨彦波;龚静-.深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响)[J].华中科技大学学报（医学版）,2022(06):741-751
A类：
可选择性多聚腺苷酸化,整合组学,polyadeny,apaQTL,SNP2APA,apaQ,STREME,Tomtom,rs16742,leucyl,PCBP2,rs115865883,rs150628203
B类：
深度挖掘,肝细胞癌,遗传变异,临床信息,alternative,基因位点,polyadenylation,quantitative,trait,locus,靶基因,结合蛋白,binding,protein,RBP,下载,泛癌,顺式,反式,语言分析,上下游,bp,特征基序,临床预后,ENCODE,TCGA,数量性状位点,expression,eQTL,共定位,差异表达,表达和预后分析,泛出,tRNA,合成酶,synthetase,LARS,转录本,外部数据,数据验证,RC,定位分析,可调控
AB值：
0.177417
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