典型文献
hsa-miR-34a在肿瘤中的表达及生物信息学分析
文献摘要：
目的 分析人微小RNA-34a(hsa-miR-34a)在不同肿瘤中的表达情况,预测其靶基因,并分析其生物学功能、作用机制.方法 通过miRBase数据库获得序列,分析hsa-miR-34a在人类基因组中的位置及其物种间的保守性.通过TargetScan、miRWalk、miRDB和mirDIP数据库预测hsa-miR-34a的靶基因并取交集,通过TiGER数据库分析所得靶基因集在人体不同组织中的表达情况.利用PANTHER和DAVID在线工具对hsa-miR-34a的靶基因进行基因本体论(GO)富集分析和REACTOME信号通路富集分析.采用STRING数据库构建hsa-miR-34a的靶基因对应蛋白质的互作网络.结果 hsa-miR-34a在乳腺癌、前列腺癌、膀胱癌等肿瘤中表达显著降低.编码hsa-miR-34a的基因序列在不同物种间具有高度保守性.共获得225个靶基因,采用Target Score功能排序后取前30个靶基因.hsa-miR-34a各靶基因在不同组织间的相对表达量差异均无统计学意义(P>0.05).GO富集分析结果显示,hsa-miR-34a靶基因集中表达于网格蛋白囊泡和囊泡膜及其物质转运、多细胞生物过程和发育、神经系统发生和发育、解剖结构发育等.REACTOME生物通路富集分析结果显示,hsa-miR-34a靶基因集中富集于B型和G型肉毒杆菌毒素毒性、信号素4D(Sema4D)介导的细胞黏附和迁移抑制、神经递质的合成和释放等生物信号通路.根据蛋白质互作网络对靶基因重新进行排序,排在前5位的蛋白质对应的靶基因分别为SYT1、VAMP2、MET、RRAS、CACNA1E.结论 hsa-miR-34a与多种肿瘤的发生、发展有关,分析靶基因及其生物学功能,可为后续的临床和基础研究提供参考依据.
文献关键词：
微小RNA-34a;生物信息学分析;肿瘤;靶基因;功能富集;信号通路富集
中图分类号：
作者姓名：
文舒展;付子乐;陈淑英
作者机构：
复旦大学附属华山医院骨科,上海 200040;复旦大学附属中山医院肝外科,上海 200032;复旦大学附属华山医院检验医学科,上海 200040
文献出处：
引用格式：
[1]文舒展;付子乐;陈淑英-.hsa-miR-34a在肿瘤中的表达及生物信息学分析)[J].检验医学,2022(07):657-663
A类：
TiGER,SYT1,VAMP2,RRAS,CACNA1E
B类：
hsa,34a,生物信息学分析,靶基因,生物学功能,miRBase,人类基因,种间,保守性,TargetScan,miRWalk,miRDB,mirDIP,交集,数据库分析,不同组织,PANTHER,DAVID,基因本体论,REACTOME,信号通路富集,通路富集分析,STRING,数据库构建,前列腺癌,膀胱癌,基因序列,共获,Score,相对表达量,网格蛋白,囊泡,物质转运,多细胞,生物过程,系统发生,解剖结构,生物通路,中富,肉毒杆菌毒素,信号素,Sema4D,细胞黏附,附和,神经递质,蛋白质互作网络,对靶,排在,MET,功能富集
AB值：
0.291406
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
