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麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C与腺苷及腺嘌呤的互作方式分析
文献摘要：
麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C均具N-糖苷酶活性,然而两者的体外翻译抑制能力却具有明显差异,这暗示着两者的N-糖苷酶活性也存在差异.为了探究造成这一差异的结构基础,本研究使用trRosetta对两种蛋白进行了三级结构的预测,通过PRO-CHECK 和Qmean对预测得到的三级结构模型进行了质量评估,利用Chem3D对小分子配体腺嘌呤和腺苷进行了结构优化,借助UCSF Chimera对Curcin及Curcin C活性位点的氨基酸组成进行了预测.最终使用分子对接软件AutoDock将预测得到的模型与小分子腺嘌吟及腺苷进行分子对接.对接结果显示,两种蛋白与腺嘌呤的相互作用模式具有较高的相似性,但Curcin的关键氨基酸Arg并未参与到与配体的相互作用.此外Curcin C与腺嘌呤和腺苷之间的结合能都低于Curcin,且其和腺苷与腺嘌呤之间结合能的差值也要高于Curcin.这一结果暗示着Curcin和Curcin C之间的活性差异与其活性位点处的结构特征有关,Curcin C中的关键氨基酸Arg与腺嘌呤及腺苷的结合位点更为靠近,从而导致Curcin C与底物之间的结合能更低,更有利于催化反应的进行.
文献关键词：
麻疯树;核糖体失活蛋白;结构预测;分子对接;腺苷;腺嘌呤
中图分类号：
作者姓名：
邓聿杉;徐莺
作者机构：
四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065
文献出处：
引用格式：
[1]邓聿杉;徐莺-.麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C与腺苷及腺嘌呤的互作方式分析)[J].四川大学学报（自然科学版）,2022(04):181-186
A类：
核糖体失活蛋白,Curcin,trRosetta,CHECK,Chem3D
B类：
麻疯树,腺苷,腺嘌呤,方式分析,糖苷酶,外翻,抑制能力,暗示着,种蛋,三级结构,PRO,Qmean,质量评估,小分子,UCSF,Chimera,活性位点,氨基酸组成,终使,分子对接,AutoDock,嘌吟,作用模式,Arg,结合能,结合位点,底物,催化反应,结构预测
AB值：
0.221093
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