目的:挖掘肝细胞癌(HCC)血管侵袭相关的特征基因并筛选其预后标志物.方法:使用R软件limma包筛选出癌症基因组图谱数据库(TCGA)、基因表达数据库系列(GSE19977和GSE20017)中HCC血管侵袭相关差异表达基因,对其进行GO功能富集和KEGG信号通路分析.采用最小绝对收缩选择算子(LASSO)和支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)筛选重叠的HCC血管侵袭特征基因.采用单因素Cox回归分析筛选出的特征基因与患者预后的关系.结果:3个数据库中上下调表达一致的差异表达基因有517个.GO富集结果显示3个数据库交集的差异基因主要富集于线粒体基质、核糖体,血红素结合、氧化还原酶活性等.KEGG分析结果显示交集的差异表达基因主要富集在新陈代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)、补体和凝血级联等信号通路.两种算法共筛选出10个重叠的特征基因:爱帕琳肽受体(APLNR)、残疾基因同源物1(DAB1)、分泌磷蛋白2(SPP2)、甲状腺激素应答蛋白(THRSP)、溶质载体家族22成员7(SLC22A7)、溶质载体家族16成员2(SLC16A2)、内皮细胞特异性分子1(ESM1)、外泌体成分8(EXOSC8)、同源盒基因D10(HOXD10)和TB(POZ)结构域6蛋白(KBTBD6).APLNR、SPP2、SLC22A7低表达[HR(95％CI)分别为0.85(0.71～1.02),0.87(0.80～0.95),0.89(0.82～0.97)]及HOXD10高表达[HR(95％CI)为3.26(1.84-5.77)]是HCC患者预后的危险因素.结论:APLNR、DAB1、SPP2、THRSP、SLC22A7、SLC16A2、ESM1、EXOSC8、HOXD10和KBTBD6可作为HCC血管侵袭特征基因,其中APLNR、SPP2、SLC22A7及HOXD10与HCC患者预后有关.

肝细胞癌;血管侵袭;预后标志物;生物信息学

阎赟梦;王鹏辉;叶亚菲

郑州大学第一附属医院检验科,河南省检验医学重点实验室 郑州450052;首都医科大学附属北京天坛医院普通外科 北京100070

郑州大学学报（医学版）

[1]阎赟梦;王鹏辉;叶亚菲-.基于生物信息学筛选肝细胞癌血管侵袭特征基因和预后标志物)[J].郑州大学学报（医学版）,2022(04):569-573

GSE19977,GSE20017,APLNR,DAB1,SLC22A7,SLC16A2,EXOSC8,KBTBD6

肝细胞癌,血管侵袭,特征基因,预后标志物,HCC,limma,癌症基因组图谱数据库,TCGA,基因表达数据库,差异表达基因,功能富集,通路分析,选择算子,LASSO,支持向量机递归特征消除,RFE,Cox,集结,交集,差异基因,核糖体,血红素,氧化还原酶,新陈代谢,过氧化物酶体增殖物激活受体,PPAR,补体,法共,爱帕琳肽,残疾,磷蛋白,SPP2,甲状腺激素,激素应答,THRSP,溶质载体,内皮细胞特异性分子,ESM1,外泌体,体成分,同源盒基因,HOXD10,POZ,结构域,低表达

0.225178