典型文献
基于WGCNA技术研究驴肉嫩度基因及代谢物调控网络
文献摘要：
旨在通过WGCNA技术解析转录组和代谢组数据,探究驴肉嫩度调控机制.试验动物采用24～36月龄的健康雌性广灵驴(平均体重236.10 kg),将驴肉剪切力和肌内脂肪含量作为表型数据,以每个样品3个重复进行表型数据测定.本试验基于前期研究的具有显著剪切力和肌内脂肪含量差异的14个广灵驴背最长肌样本的转录组和代谢组测序数据,运用WGCNA技术筛选与驴肉嫩度相关的基因及代谢物并进行转录组与代谢组联合分析,解析嫩度相关基因与代谢物.结果表明,利用WGCNA技术通过|r|≥0.5以及P≤0.05筛选标准得到3个与嫩度相关的关键基因模块Greenyellow、Darkgrey、Darkgreen以及2个关键代谢物模块Brown、Yellow.对关键基因模块进行GO富集分析发现,模块内基因主要在甘油磷脂的生物合成、脂质氧化、脂肪酸β-氧化、细胞大分子分解代谢过程、肌肉器官发育、钙离子结合等GO功能上富集.存在于关键模块内的基因及代谢物经KEGG功能富集分析发现,其大多集中在精氨酸和脯氨酸代谢、Wnt信号通路、蛋白质消化吸收、脂肪酸代谢、TCA循环、胰高血糖素信号通路、甘油磷脂代谢、嘌呤代谢、β-丙氨酸代谢等通路上.联合分析表明,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、β-丙氨酸代谢以及PPAR信号通路可能调控驴肉嫩度.WGCNA及联合KEGG共富集分析筛选到的丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、β-丙氨酸代谢以及PPAR信号通路可能对调控驴肉嫩度有重要作用;而GAD1、PPAT、NIT2、AGMAT、CARNS1、ACOXL以及腺苷酸基琥珀酸、L-脯氨酸、L-谷氨酸、肌酸、高肌肽、肌肽、泛酸、(9S)-羟基十八碳二烯酸则可能是影响驴肉嫩度的候选基因及代谢物.本试验可为今后广灵驴肉质嫩度的分子调控与改良育种提供一定的理论基础.
文献关键词：
广灵驴;嫩度;WGCNA;组学;联合分析
中图分类号：
作者姓名：
李武峰;邱丽霞;关家伟;李丽;杜敏
作者机构：
山西农业大学生命科学学院,太谷030801;美国华盛顿州立大学动物科学系,普耳曼99164-6310
文献出处：
引用格式：
[1]李武峰;邱丽霞;关家伟;李丽;杜敏-.基于WGCNA技术研究驴肉嫩度基因及代谢物调控网络)[J].畜牧兽医学报,2022(11):3827-3841
A类：
广灵驴,Greenyellow,Darkgrey,Darkgreen,GAD1,PPAT,NIT2,AGMAT,CARNS1,ACOXL
B类：
WGCNA,驴肉,嫩度,调控网络,技术解析,转录组,代谢组,调控机制,试验动物,月龄,雌性,剪切力,肌内脂肪含量,据测定,前期研究,含量差异,背最长肌,序数,技术筛选,联合分析,筛选标准,关键基因,关键代谢物,Brown,Yellow,生物合成,脂质氧化,大分子,分解代谢,代谢过程,器官发育,钙离子,离子结合,功能富集分析,多集,精氨酸,脯氨酸代谢,Wnt,消化吸收,脂肪酸代谢,TCA,胰高血糖素,甘油磷脂代谢,嘌呤代谢,丙氨酸,天冬氨酸,谷氨酸代谢,PPAR,共富集,腺苷酸,琥珀酸,肌酸,肌肽,泛酸,9S,十八碳二烯酸,候选基因,肉质,分子调控,改良育种
AB值：
0.265354
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